Посоветовавшись с иноками, жившими в Старом городище, о. Исаакий начинает хлопоты по строительству храма и основанию новой обители. Несколько лет он провел в Санкт-Петербурге, оформляя необходимые для строительства документы. Он был известен и почитаем в царской семье. Благодаря своей настойчивости и связям в столице, в начале 1706 года о. Исаакий сумел получить Высочайшее разрешение Петра I и местоблюстителя Патриаршего престола Стефана (Яворского) на строительство церкви.
В феврале 1706 года начали валить лес, в мае на городище уже высился сруб. 16 июня 1706 года был освящен первый храм Саровской пустыни во имя иконы Божьей Матери Живоносный источник. Эта дата считается днем основания Саровского монастыря.
Вслед за храмом были построены деревянные кельи для монахов и трапезная; одновременно с возведением монастыря шло строительство «подземного города». Начало ему было положено о. Исаакием задолго до открытия пустыни, когда в качестве временного убежища он вырыл себе пещеру в горе. Впоследствии эти пещеры расширялись, в них устраивались кельи для молитвенного уединения.
Деятельность о. Исаакия не ограничивалась только внешним устройством пустыни. Вместе с первой церковью возникает монашеское общежительное братство. Отец Исаакий с единодушного согласия братии приступает к написанию устава Саровской обители. Через месяц после освящения церкви он собрал всю братию, жившую на Саровской горе, и предложил им устав, написанный по строгим древним образцам. По совету с братией, о. Исаакий отослал устав на утверждение местоблюстителю патриаршего престола, преосвященному Стефану (Яворскому), митрополиту Рязанскому и Муромскому. Впоследствии этот устав послужит образцом для многих монастырей России.
Насколько строги были правила Саровского монастыря, настолько же суров был и быт монахов. Все нужное для жизни добывалось собственным трудом, при этом братия не имели никакой собственности. Сами возделывали землю, сеяли хлеб, на жерновах мололи муку. Занимались токарным и столярным делом, шили одежду, плели лапти, служившие обычной обувью. Одежда монахов была простой: летом — балахоны из холста, зимой — тулупы. Вкушать пищу разрешалось лишь в трапезной. Единственным лакомством братии в праздничные дни служил настой из малины и мяты, который пили с медом.
Вскоре после постройки первой церкви поставили еще два храма и кельи для гостей. Территорию монастыря обнесли оградой. К 1711 году был готов пещерный город с подземной церковью. В том же году в Саровскую обитель была прислана грамота местоблюстителя патриаршего престола с утверждением устава обители.
