Монастырские дела требовали от настоятеля новоустроенной обители частых поездок в столицы. В одну из таких поездок он тяжело заболел и принял схиму с именем Иоанн, дав обет отказаться от настоятельства в Саровской обители.
Поправившись, он вернулся в Саровскую пустынь. За время его отсутствия многие дела оказались расстроены, а среди братии были неурядицы. Они просили своего старца навести порядок, но он вынужден был отказаться, сославшись на обеты, данные при пострижении в схиму. Тогда братия обратилась к местоблюстителю митрополиту Стефану, прося его разрешить о. Иоанна от обета. Митрополит с пониманием отнесся к прошению Саровской братии, указав о. Иоанну «быть настоятелем и служить по-прежнему».
К 1729 году у Саровской обители были 22 тысячи десятин земли. Императрица Анна Иоановна своим Указом от 25 октября 1730 года «...все земли, сенные покосы и рыбные ловли» утвердила за Саровской пустынью навечно, «...не в пример другим». Число братии в 1733 году было 36 человек.
Так случилось, что жизнь основателя обители о. Иоанна закончилась не в Саровском монастыре, как он мечтал, а в Санкт-Петербурге, в Тайной канцелярии. В 1733 году, по ложному доносу, саровские иноки были заподозрены в государственной измене. В Саров прискакали чиновники Тайной канцелярии с солдатами для ареста о. Иоанна. Сковав цепями, его посадили под караул. Затем, допросив иночествующих, собрались везти его в Петербург. Преемник о. Иоанна — о. Досифей — едва упросил караульных позволить братии проститься со своим старцем.
Перекрестясь, первоначальник саровский положил три поклона пред святыми вратами созданной им обители. Затем, обернувшись к оставляемой им братии, трижды поклонился ей в ноги, на что и братия отвечала земным поклоном. Затем он молча осенил ее крестным знамением.
Около четырех лет протомился Иоанн вузах в Петербурге. Перед кончиной, напутствуемый Святыми Дарами, он просил духовника доставить в Саровскую пустынь письмо с его предсмертным заветом братии — твердо хранить устав, держать мир и любовь между собой и безропотно нести послушания. Иеросхимонах Иоанн, скончавшийся 4 июня 1737 года, похоронен при церкви Преображения Господня, что в Колтовской, в Санкт-Петербурге.
Преемником иеросхимонаха Иоанна, как уже говорилось, был иеромонах Досифей. При нем монастырские келейные постройки приобрели законченный вид. Все монахи имели свои кельи. В монастыре были построены помещения для различных работ: хлебная и поваренная, трапезная, просфорная, столярная, портная. Были две кузницы и конюшня. В виде послушаний монахи исполняли все работы, необходимые для монастырского хозяйства: возделывали землю, косили сено, собирали грибы и ягоды, ловили рыбу. Они плели лапти, делали четки, изготавливали свечи.
