Всю первую военную зиму «С-7» провела в Ленинграде, где 16 декабря при стоянке у Дворцового моста получила незначительные повреждения от близкого разрыва трех снарядов.
Кампанию 1942 года «С-7» начала 2 июля. Выйдя из Кронштадта, она ночью в надводном положении благополучно форсировала минное заграждение «Юминда» и направилась на позицию к западу от острова Готланд в Норчёпингскую бухту (позиция № 4) с задачей «уничтожать все транспорты и неприятельские военные корабли за исключением военных кораблей шведского флота». Утром 9 июля лодку атаковал шведский патрульный самолет. Вечером того же дня «С-7» неудачно атаковала пароход «Норег», принадлежащий Швеции, а через 4 часа «С-7» потопила шведский транспорт «Принцесса Маргарита» (1272 брт.) с грузом угля из Германии. При выстреле хвостовой стопор торпеды был зажат в торпедном аппарате. Подводной лодке пришлось всплывать и догонять судно. Успех принесла только вторая атака, и транспорт затонул в точке 58°26′ с.ш./17°13′ в.д. 14 человек из его экипажа погибли. 14 июля ко дну пошел шведский транспорт «Лулео» (5611 брт.), шедший в охранении сторожевиков «Снаппханен» и «Ягарен», которые безрезультатно сбросили на лодку 26 глубинных бомб. 14 июля «С-7» еще дважды выходила в атаку, но выпущенные торпеды прошли мимо.
В силу того, что, по заявлению МИД Швеции, оба транспорта были потоплены в пределах 6-мильной зоны территориальных вод Швеции, «С-7» была отозвана с позиции, чтобы не обострять международные отношения, и направлена на позицию в район Виндавы. (Оба судна потоплены за пределами 6-мильной зоны.) Утром 27 июля лодка атаковала германский транспорт «Эллен Ларсен» (1938 брт.). Торпеды прошли мимо, и всплывшая субмарина попыталась уничтожить его артиллерией, но на втором залпе вышло из строя 100-мм орудие. Тем временем транспорт выбросился на мель, и подоспевшие сторожевые катера не дали его добить. (Судно было восстановлено.)
30 июля двумя торпедами был потоплен транспорт «Кате» (1559 брт.), а утром 5 августа у маяка Ужава последней оставшейся торпедой атакован финский транспорт «Похьянлахти» (682 брт.), шедший с грузом картофеля из Риги в Мянтилуотто. Торпеда прошла мимо, и командир подводной лодки решил уничтожить судно артиллерией. Необходимо отметить, что экипаж субмарины сильно рисковал. 100-мм орудие было неисправно, а огонь из 45-мм пушки не имел должного разрушительного эффекта. На «Похьянлахти» пришлось потратить 380 снарядов и более получаса времени. Наконец транспорт загорелся и медленно начал погружаться. От гибнущего судна отвалили две шлюпки, в одной из них был капитан парохода с комплектом судовых документов и карт. 11 августа «С-7» благополучно вернулась на базу, завершив тем самым едва ли не самый удачный поход советской подводной лодки в Великую Отечественную войну — потоплено 4 судна (9164 брт.), один транспорт (1938 брт.) поврежден.
