Заложена 25 декабря 1934 на заводе № 189 (Балтийский завод) в Ленинграде под заводским номером 266 и литерным обозначением «Н-1». 8 августа 1935 года подводная лодка спущена на воду и 23 сентября 1936-го под командованием Косьмина Дмитрия Михайловича вошла в строй Краснознаменного Балтийского флота. 20 октября 1937 субмарина получила литерное обозначение «С-1».
Советско-финляндскую войну подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Трипольского Александра Владимировича в составе 13-го дивизиона 1-й бригады ПЛ КБФ и базировалась на Таллин.
30 ноября 1939 года «С-1» была в боевом дозоре в устье Финского залива. Получив сигнал «Факел» о начале боевых действий против Финляндии, командир субмарины не понял его смысла, так как на корабле не было таблицы условных сигналов, которую по недоразумению просто не получили на базе. Для него обстановка прояснилась лишь на второй день войны с получением оперативной сводки штаба КБФ. Утром 1 декабря «С-1» чуть было не стала жертвой орудий крейсера «Киров», вышедшего для бомбардировки батарей острова Руссаре. К счастью, подводная лодка вовремя дала свой опознавательный.
Вечером 2 декабря «С-1» была отозвана с позиции и утром следующего дня была в Таллине, однако тут же, после пополнения запасов, была отправлена к порту Раума в Ботническом заливе (позиция № 13). Размер района действий подводной лодки был слишком мал (10 × 10 миль). Сигнальщики несколько раз (как минимум было пропущено восемь пароходов и один парусник) обнаруживали цели, но они проходили слишком далеко от субмарины. Только 10 декабря «С-1» заметила и атаковала одиночный транспорт под германским флагом с закрашенными надписями на носу и корме. Когда торпеда прошла мимо, субмарина всплыла и начала расстреливать его артиллерией. На пятом залпе 100-мм орудие заклинило, а еще один двухторпедный залп ушел «В молоко». Наконец, после полуторачасового маневрирования, судно было потоплено огнем из 45-мм орудия. (Всего израсходовано 4 100-мм и 35 45-мм снарядов.) Им оказался немецкий пароход «Больхайм» (3324 брт.), перевозивший целлюлозу из Мянтюлуото. Несмотря на потерю транспорта и гибель при этом 3 человек (капитана судна Хильдесхайма и радиста) из его экипажа, никакой реакции Германии не последовало. Больше никого на позиции «С-1» не встретила, и 16 декабря она благополучно вернулась в Либаву.
