22 декабря 1939 года «С-1» снова вышла в боевой поход. Первоначально ей предстояло действовать в районе к северу у острова Аланд (позиция № 10), но затем она была переразвернута у порта Кристина (позиция № 12). За 22 дня патрулирования лодка обнаружила лишь два транспорта, но не смогла их догнать. 16 января «С-1» была отозвана в базу, но в силу выхода из строя вертикального руля подводная лодка задержалась в Ботническом заливе для исправления повреждения. Возвращение подлодки проходило в сложных ледовых условиях. Часть пути лодка шла подо льдом, другую часть — лавируя между льдинами; в этот момент ее атаковали два финских гидросамолета «Юнкерс К-43», один из которых артиллеристам «С-1» (по данным советской стороны) удалось сбить. На исходе суток 19 января субмарина наконец-то вышла на чистую воду. На следующий день лодка благополучно прибыла в Либаву, имея всего 300 кг соляра. При форсировании льдов подводная лодка получила повреждения легкого корпуса, который в нескольких местах помяло и продавило льдом, оборвало антенны и леера, штормовой волной с верхней палубы сорвало семь листов обшивки и обломало козырек ограждения рубки.
За мужество, проявленное экипажем «С-1», субмарину 7 февраля 1940 года наградили орденом Красного Знамени, а ее командир А. В. Трипольский удостоен звания Героя Советского Союза.
22 июня 1941 года «С-1» встретила в Либаве на заводе «Тосмаре» в составе 1-го дивизиона ПЛ КБФ, которым командовал ее бывший командир, капитан 3-го ранга А. В. Трипольский. Лодкой командовал капитан 3-го ранга И. Т. Морской. Подводная лодка находилась в ремонте.
Вечером 23 июля 1941 года, когда немцы были уже на подступах к городу, экипаж взорвал свой корабль и перешел на ПЛ «С-3», на которой и ушел из Либавы.
Восстанавливать субмарину немцы не стали, а использовали в качестве опытового судна.
7 августа 1943 года корпус субмарины был потоплен в ходе проведения испытаний в районе Киля.
Во время советско-финляндской войны совершила 3 боевых похода:
30.11.1939-02.12.1939.
03.12.1939-16.12.1939.
22.12.1939-20.01.1940.
В результате потоплен транспорт «Больхайм» (3324 брт., 10.12.1939), сбит 1 самолет.
Заложена 25 апреля 1935 года на заводе № 189 (Балтийский завод) в Ленинграде под строительным номером 268 и литерным обозначением «Н-З». 30 апреля 1936 года подводная лодка была спущена на воду 20 октября 1937 года она получила обозначение «С-3», и 13 июля 1938 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
