Вечером. 21 мая произошел уникальный случай: акустик доложил о наличии кораблей противника. Вахтенный офицер Г. Н. Магрилов пошел доложить об этом командиру. В это время оставшийся один в центральном посту старшина трюмных машинистов Борис Галкин задраил переборочные двери, а дверь в выгородку радиостанции, где находились старшина радистов Алексеев и гидроакустик Мироненко, прижал ящиком. Галкин снял с койки товарища постельное белье, а затем подал в цистерны воздух высокого давления. Лодка всплыла. Открыв люк, он выбрался на палубу и начал наволочкой подавать сигналы кораблям противника. К счастью, Алексеев и Мироненко смогли вовремя отдраить двери. Срочно вызванный командир, не имея времени застрелить предателя, скомандовал срочное погружение. Заметившие «Щ-303» противолодочные катера подобрали из воды Галкина, а затем устроили подводной лодке настоящий ад, сбросив на нее более двухсот глубинных бомб. Оторвавшись от преследования, «Щ-303» легла на грунт и до 1 июня накапливала ресурсы на обратный путь. За это время с подводной лодки было отправлено три радиограммы, где докладывалось об обстановке и обстоятельствах похода, в ответ было дано «добро» на возвращение.
Путь домой тоже не был легким. 7 июня на минах погиб охотник «МО-102» из состава эскорта. Получил повреждения второй охотник «МО-123». В ночь на 8 июня «Щ-303» прибыла на Лавенсари, 11 июня — в Кронштадт, выдержав в пути налет финской авиации. Учитывая то, что из пяти подводных лодок КБФ, пытавшихся преодолеть противолодочный рубеж противника в 1943 году, на базу вернулась одна «Щ-303», возвращение подводной лодки явилось счастливой звездой для ее экипажа.
Во второй половине 1943 года «Щ-303» встала на капремонт, в ходе которого на подводной лодке установили ГАС «Дракон». За это время на субмарине произошли кадровые изменения: вместо капитана 3-го ранга Травкина, назначенного командиром на «К-52», 9 марта 1944 года в командование «Щ-303» вступил капитан 3-го ранга Ветчинкин Павел Петрович. Летом 1944 года ремонт был завершен. Подводная лодка приступила к отработке курса боевой подготовки. 3 октября при проходе ворот Купеческой гавани в Кронштадте «Щ-303» ударилась о стенку, погнув кронштейн и правый гребной вал, ограждение и баллер кормовых горизонтальных рулей. Устранение повреждений заняло 42 суток. За это время на субмарине вновь сменился командир. 13 ноября им стал капитан 3-го ранга Филов Николай Александрович. Закончив докование, «Щ-303» в начале декабря перешла в Турку, где после выхода Финляндии из войны базировались наши подлодки. 13 декабря в командование «Щ-303» вступил капитан-лейтенант Игнатьев Евгений Александрович.
