Категорический запрет на атаки шведских судов значительно сократил количество потенциальных целей, к тому же движение транспортов осуществлялось в основном шхерными фарватерами в шведских территориальных водах.
Только 18 октября (по данным А. В. Платонова, 17 октября) «Щ-303» произвела двухторпедный залп по транспорту из состава конвоя. На подводной лодке наблюдали взрыв, столб огня и дыма. Преследованию субмарина не подвергалась.
Днем 20 октября «Щ-303» атакует одиночный транспорт. Вновь на подводной лодке были слышны взрывы, свидетельствующие о попадании торпед в цель. К сожалению, в обоих случаях успех «Ерша» зарубежными данными пока не подтверждается.
Перезарядив торпедные аппараты и долив аккумуляторные батареи, «Щ-303» 2 ноября вновь выходит в атаку. Торпеды были выпущены в условиях 8-балльного шторма, поэтому успеха добиться не удалось. Противник, скорее всего, даже не заметил атаки.
4 ноября субмарина выпустила три оставшиеся торпеды по конвою. По свидетельству людей, находившихся на мостике подводной лодки, с борта «Щ-303» наблюдалось попадание торпед в транспорт и один из кораблей охранения, но, по зарубежным данным, подтверждения успеха данной атаки опять нет. В некоторых источниках жертвой атаки «Щ-303» указывается шведский пароход «Лидинге» (5855 или 5842 брт.), но это судно погибло 6 ноября 1942 года на британской донной мине в проливе Фемерн Бельт.
Израсходовав боезапас, «Щ-303» начала возвращение на базу. Сравнительно легко преодолев противолодочный рубеж противника, подводная лодка уже 13 ноября ошвартовалась в Кронштадте.
Хотя успехи «Ерша» в ходе его второго похода не подтверждены ни стороной противника, ни Швецией, командование высоко оценило результаты, достигнутые подлодкой. 1 марта 1943 года «Щ-303» удостоена гвардейского звания.
Активные действия подводных лодок КБФ в 1942 году заставили немцев принимать ответные меры: были усилены противолодочные рубежи, дополнительно выставлены более 10 тысяч мин и защитников; в апреле 1943 года противник перегородил Финский залив двойной противолодочной сетью.
6 мая 1943 года «Щ-303» вышла в третий боевой поход с заданием занять позицию в устье Финского залива на линии остров Утё — маяк Ристна.
Неприятности начались еще на Лавенсари. Сопровождающий субмарину «БТЩ-210» подорвался на двух донных минах и получил значительные повреждения. Без особых приключений 12 мая «Щ-303» в районе банки Намси форсировала Гогландский противолодочный рубеж, а затем четверо суток находилась западнее острова Вайндло, не имея возможности зарядить аккумуляторные батареи. 17 мая «Щ-303» переместилась к маяку Кери. Продолжив движение, подводная лодка имела несколько касаний минрепов, а вечером 19 мая попала в противолодочную сеть. Так как батарея разрядилась, «Щ-303» пришлось вернуться к Кэри. За все это время подводная лодка неоднократно обнаруживала противолодочные корабли противника, но ими замечена не была.
