Первым проявлением напряженности в период перестройки стали события в Казахстане, получившие название «Желтоксан». 16 декабря 1986 года в Алма-Ате состоялась демонстрация протеста после того, как Москва пыталась навязать на пост первого секретаря ЦК КП КазССР своего ставленника Геннадия Васильевича Колбина, работавшего до этого первым секретарем Ульяновского обкома КПСС и не имевшего никакого отношения к
Казахстану. Эта демонстрация была подавлена внутренними войсками. Некоторые ее участники «пропали без вести» либо попали в тюремное заключение.
В июне 1989 года в Новом Узене вспыхнули межэтнические столкновения между казахами и выходцами с Кавказа, для подавления которых были задействованы бронетранспортеры, танки, боевые вертолеты и другая военная техника.
15-16 июля в Сухуми произошли столкновения между грузинами и абхазами.
Наибольшей остротой отличался начавшийся в 1988 году карабахский конфликт. Произошли взаимные этнические чистки, начался исход армян из Азербайджана и азербайджанцев с курдами-мусульманами из Армении. В 1989 году Верховный Совет Армянской ССР объявил о присоединении Нагорного Карабаха. Летом того же года Армянская ССР ввела блокаду Нахичеванской АССР, а Народный фронт Азербайджана в качестве ответной меры объявил экономическую блокаду всей Армении. В апреле 1991 года между двумя советскими республиками фактически началась война.
Происходят беспорядки в Ферганской долине, где смешанно проживают несколько народов. В конце мая 1989 года в Ферганской области Узбекской ССР обострились отношения между узбеками и турками-месхетинцами. В июне там произошли массовые погромы и убийства турок-месхетицев, известные как «Ферганские события», вызвавшие массовую эвакуацию турок-месхетинцев из республики. В мае следующего года в узбекском городе Андижане произошел погром евреев и армян. Спустя месяц на территории Киргизской ССР разразились киргизо-узбекские столкновения («Ошская резня»). На этнической почве в Баку, столице Азербайджанской ССР, 13–20 января 1990 года произошли беспорядки, сопровождавшиеся массовым насилием в отношении армянского населения, грабежами, убийствами, поджогами и уничтожением имущества.
Решение о реабилитации депортированных Сталиным народов приводит к нарастанию напряженности в ряде регионов, в частности в Крыму — между вернувшимися крымскими татарами и русскими, в Пригородном районе Северной Осетии — между осетинами и вернувшимися ингушами.
