После возвращения из-под Нарвы положение Дыбенко резко изменилось. Он, видимо, окончательно потерял доверие Ленина. Более того, если раньше моряки могли рассчитывать на почтительное отношение к себе со стороны властей, поскольку были их лучшей вооруженной опорой, то теперь они перестали быть «волшебной палочкой» для решения любых задач, связанных с насилием. Место «гвардии революции» заняли латышские стрелки, отличавшиеся гораздо более крепкой дисциплиной, чем матросы. После событий под Нарвой «незамедлительно была создана следственная комиссия под председательством Николая Васильевича Крыленко (1885–1938), члена коллегии Наркомюста. Пока шло следствие, Дыбенко занимался текущими делами в Совнаркоме».
На VII съезде РКП(б) 7 марта Ленин, оценивая события под Петроградом, говорил, что «лучшие матросы и путиловцы, при всем своем великом энтузиазме, оказывались одни, когда получился неслыханный хаос, паника, заставившая войска добежать до Гатчины». Это было явным «камнем в огород» Дыбенко и его моряков.
В эти дни происходит поворот советского руководства в сторону «военспецов». 9 марта 1918 г. СНК принимает решение о создании комиссии военных специалистов в составе двух генералов и контр-адмирала Василия Михайловича Альтфатера (1883–1919) «для представления по возможности не позднее 15 марта […] плана организации военного центра для реорганизации армии и для создания мощной вооруженной силы на началах социалистической милиции и всеобщего вооружения рабочих и крестьян». По мнению историка М. А. Молодцыгина, план создания милиционной армии был дипломатическим камуфляжем, целью которого было убедить руководство Германии в том, что Россия не сможет создать серьезные вооруженные силы в ближайшем будущем. Необходимо отметить тот факт, что Альтфатер – единственный представитель флота в этой тройке. Кроме того, только Альтфатер сохранил верность советской власти, а оба его сотоварища по комиссии вскоре перешли на сторону белых. Это обстоятельство впоследствии должно было еще выше поднять авторитет адмирала в глазах руководителей Советской России.
На этом же заседании СНК был избран Временный исполнительный комитет СНК (Совет пяти народных комиссаров) для обеспечения непрерывной работы правительства. От большевиков в него вошли Ленин, Сталин и Троцкий. Там же было принято решение об отстранении от должности народного комиссара по военным делам Николая Ильича Подвойского (1880–1948), вместо него назначался Троцкий, освобожденный с поста наркома по иностранным делам. Должность Верховного главнокомандующего, которую занимал Крыленко, была упразднена. Очевидно, следующим должен был встать вопрос о Дыбенко как о наркоме по делам флота.
