Несомненно, генералы и адмиралы, решившие сотрудничать с большевиками, хотели, чтобы идея революционной армии провалилась. Неудачные бои отряда Дыбенко под Нарвой в первых числах марта были для них очень кстати. Они дискредитировали и Дыбенко лично, и идею коллегиального руководства флотом, и идею революционной армии. Есть основания считать, что Михаил Дмитриевич Бонч-Бруевич и Дмитрий Павлович Парский сознательно усугубляли реальную вину Дыбенко в произошедшем фиаско, а его самого изображали человеком неуправляемым и недисциплинированным. В Совнаркоме полностью приняли или сделали вид, что приняли, трактовку Бонч-Бруевича и Парского, поскольку Дыбенко стал неудобной, неконтролируемой, слишком самостоятельной фигурой.
На наш взгляд, отъезд правительства из Петрограда в Москву 10 марта 1918 г. в значительной степени связан с желанием избавиться от крепких «объятий», в которых матросы держали советское правительство. Действительно, переезд правительства в Москву совпал с резким падением политической роли балтийских матросов. Правда, не следует забывать, что само решение о переезде было принято еще 26 февраля, в условиях продолжающегося немецкого наступления, когда судьба Петрограда была неясна.
Дыбенко не склонил голову перед неизбежным и не стал делать вид, что уходит добровольно. Он был исключен из партии на заседании ЦК 15 марта 1918 г. с формулировкой «заслушав сообщения о поведении Дыбенко под Нарвой, при проезде из Петрограда в Москву, пьянстве». Проступок Дыбенко «при проезде из Петрограда» заключался в том, что он 11 марта угрозами расстрела принудил железнодорожников организовать экстренный поезд, на котором они с Коллонтай выехали в Москву.
На другой день после исключения Дыбенко из партии, на IV съезде Советов должно было состояться голосование по вопросу о ратификации Брестского мира. Дыбенко был одним из подписавших «Декларацию группы коммунистов (большевиков), противников заключения мира». Видимо, с целью сорвать какую-то акцию Дыбенко на съезде, 16 марта он был арестован и на двое суток изолирован. Вскоре Дыбенко освободили, передав на поруки Коллонтай. В конце марта он пытался добиться разрешения выехать из Москвы, но не получил его.
6 апреля пост народного комиссара по морским делам занял Троцкий, назначенный наркомвоеном еще 14 марта. Он считал своевременной мобилизацию «всех необходимых сил, которые в настоящих тяжелых условиях могли бы сделать все, что возможно для спасения и реорганизации наших морских сил».
