Директором кольцовского института стал лысенковец. Стремительный бег времени, смена правителей разбросали сперва Дубинина и Лысенко по разные стороны баррикады, а затем соединили в трогательном альянсе. Дубинин на девять лет моложе Лысенко, но он оказался представителем первой послереволюционной формации интеллигенции, той интеллигенции нового типа, которая создавалась ударными темпами и вербовалась по классовому принципу. Лысенко принадлежал уже ко второй. Их схватка в борьбе за лидерство полна глубокого смысла. Дубинин воплотил ленинский идеал интеллектуала, Лысенко — исчадие сталинского ада. Тринадцать лет отделяют время создания Лениным брошюры «Что делать?» — она издана в 1906 году — от времени создания им проекта программы партии большевиков.
В 1919 году, когда создавалась эта программа, революция победила. Не нужно больше призывать все классы общества сплотиться для борьбы за свержение самодержавия, за демократию. Теперь та самая интеллигенция, которая привнесла идею революции в пролетариат, объявлена Лениным врагом революции. Ее следовало силою оружия заставить служить новой власти, у нее нужно учиться и, чтобы ослабить ее сопротивление, ее нужно подкармливать. Проект программы содержал эти рекомендации. Буржуазная интеллигенция — и не было всем тем, кто получил образование до революции, другого названия, кроме этого, бранного — нужна Ленину для создания рабоче-крестьянской армии интеллигентов, способных поставить достижения западной науки на службу строительства коммунизма. Интеллигент этого нового типа — Дубинин. Лысенко — интеллигент новейшего типа. Нет, он вообще не интеллигент, как не была лошадь Калигулы человеком, членом Сената, в котором она заседала. Согласно политике Сталина на смену уничтожаемым профессорам должны прийти крестьяне-колхозники и рабочие, воплощающие в жизнь то, что надлежало воплотить. Практика строительства коммунизма, будучи критерием истины, и есть наука. Посягнули было на математику и физику, но, по понятным причинам, ленинская политика в этой сфере осталась в силе.
В схватке Дубинина и Лысенко конечная победа досталась Дубинину. Борьба длилась 30 лет.
В 1932 году Дубинин создал новую группу генетиков-популяционистов, и они занялись сравнительным анализом наследственного разнообразия естественных популяций мух. Показано, что не только мутации, меняющие внешний облик мух, но и совсем уж вредоносные наследственные болезни, убивающие мушиных зародышей, присутствуют в скрытом виде в популяциях дрозофил. Обнаружены различия между популяциями. Разные популяции впитали в себя разные мутации и в разном количестве. Название статьи Дубинина и соавторов, в которой подведены итоги работы его группы, гласит: «Анализ экогенотипов дрозофилы». Это значит: исследование наследственного разнообразия популяций в зависимости от условий их жизни. Но условия жизни никто не изучал.
