Вторично Меншиков отличился при осаде Нарвы в 1704 году. Петр тогда по его совету использовал военную хитрость. В лагере русских знали, что комендант крепости Горн ждет подкрепления. «Ваше величество, — подсказал Петру Меншиков, — а почему бы нам не послать „подкрепление“ к Горну?» На виду у осажденных в крепости шведов был разыгран «бой» между русскими войсками и, якобы, спешившим на помощь гарнизону крепости «шведским» отрядом. Петр командовал двумя полками русских, переодетых в шведскую форму, а русскими войсками командовал Меншиков. Инсценировка сражения удалась, шведы поверили, открыли ворота и… «шведы» под командой самого Петра I кинулись на спешивший им на выручку гарнизон. За эту удачу Петр I наградил Меншикова княжеским титулом и вотчиной.
В 1703 году Петр назначил Меншикова губернатором Петербурга. Губернатор немедленно занялся укреплением города от нападения с моря, и уже летом 1704 года отбил нападение шведов на Петербург, а позже и на Кронштадт. Награда за это — чин генерал-поручика.
К тому времени шведский король Карл XII перенес свои действия в Польшу, заключившую союз с Россией. Этот союз был выгоден обеим сторонам: польский король рассчитывал с помощью России сохранить корону, а русский царь — вместе с союзником разгромить армию Карла XII.
Осенью 1704 года на помощь Польше были посланы два соединения русских войск. Одно под командованием А. И. Репнина, другое — фельдмаршала Шереметева. Меншиков в этом походе командовал кавалерией. Воевал он здесь отлично и заслужил от польского короля Августа II орден Белого орла.
Зимой 1706 года драчливый Карл XII совершил стремительный марш, шведская армия подошла к Гродно. Находившаяся здесь сорокатысячная группировка российской армии оказалась в окружении, и Петр поручил Меншикову вывести ее из кольца. Меншиков превосходно организовал отход. Карл XII попытался было нагнать отходившие русские отряды и навязать выгодное для себя сражение, но не сумел этого сделать. Обозленный Карл двинул свою армию в Саксонию и попытался принудить польского короля Августа II отказаться от престола в пользу своего союзника Станислава Лещинского. Петр бросил на помощь Августу II конный корпус под командой Меншикова. Соединившись с польскими и саксонскими войсками, генерал-поручик Меншиков нанес шведам поражение у Килиша. Но эта победа не решила, к сожалению, исход кампании в целом. Из-за предательства Августа II русские войска вынуждены были отойти во Львов на зимние квартиры. Тяжесть Северной войны теперь целиком ложилась на плечи России.
