Как водится в высших кругах и по сей день, начались интриги. В это время во Франции был казнен Людовик XVI и провозглашена республика. Командующий северной группировкой французской армии Дюмурье с испугу перебежал к врагу. Деморализованная таким предательством французская армия вынуждена была уйти из Голландии и Бельгии. Конвент вызвал генерала Миранду в Париж для дачи показаний о ведении военных действий. Здесь его арестовали, обвинив в заговоре против республики и в сношениях с врагом. Революционный трибунал оправдал Миранду и освободил его из-под стражи. Но на этом злоключения его не закончились. Как только к власти пришел Робеспьер, Миранда снова оказался в тюрьме, где содержался без суда почти два года.
17 января 1795 года бывший генерал французской армии, полковник испанской и русской армий Себастьян-Франсиско Миранда наконец вышел из тюрьмы, махнул рукой на все европейские дела и начал организовывать креолов на борьбу за независимость испанских колоний. В 1797 году он еще раз побывал в Лондоне, где вновь попытался договориться об организации помощи движению за независимость. Он просил английское правительство послать в помощь патриотам военную экспедицию. И снова переговоры были безрезультатны. А по возвращении в Париж его снова засадили в тюрьму. На этот раз сделал такой шаг Наполеон Бонапарт. Выйдя из тюрьмы, Миранда опять помчался в Лондон. На этот раз ему повезло… правда, только в любви — он женился на Саре Эндос, которая родила ему двух сыновей — Леандра и Франсиско, хотя официально они и не венчались.
Венесуэльское правительство в этот счастливый период его жизни попросило Миранду написать обращение к народам испанских колоний, призвать их на борьбу с испанским владычеством.
Почему же англичане так и не решились помочь Миранде? Ведь Испания в то время воевала с Англией и США. Казалось бы, в интересах этих стран направить экспедиционные корпуса под командой Миранды в испанские колонии. Тем не менее, англичане отказывали. Тогда Миранда решил попытать счастья в США. В Нью-Йорке его встретили старые друзья — бывший посол США в Лондоне Рифус Кинг и начальник порта полковник Смит. Они и помогли Миранде сколотить в США экспедиционный корпус. Был даже приобретен шестнадцатипушечный корабль водоизмещением в 187 тонн, которому Миранда лично дал название «Леандр» в честь своего сына-первенца.
12 марта 1807 года на «Леандре» был поднят желтокрасный флаг, ставший впоследствии национальным венесуэльским флагом, и корабль отплыл к берегам Венесуэлы. Десант высадился на материк 3 августа. Но жители городов Велу и Коро не поддержали Миранду. Пришлось возвратиться на корабль и отплыть на остров Аруба. Но и оттуда Миранде с его людьми пришлось уйти, поскольку это попросили сделать англичане, ранее все же пообещавшие помочь. Миранда снова высадился в Венесуэле и начал освободительную войну. В то же самое время англичане высадились в Буэнос-Айресе, стало ясно, что хотели они не независимости Венесуэлы, а замены испанского владычества на английское. Миранда возвратился в Лондон и с 1810 года начал издавать журнал «Эль Коломбиано», выступающий за независимость испанских колоний. Под влиянием этой пропаганды выступила за свою независимость Мексика, где движение возглавил Мигель Идальго.
