10 октября 1810 года Миранда покинул Англию в очередной раз. Приезд его в Венесуэлу совпал с первыми выборами в Конгресс, и Миранда был избран в него от провинции Барселона. Через год он вступил в патриотическую армию свободной Венесуэлы, получил чин генерал-лейтенанта и вскоре стал еще и депутатом и вице-президентом Национального конгресса, президентом Национального конгресса, президентом Патриотического общества. В июне 1811 года он возглавил и мятеж в провинции Валенсия. 5 июня Национальный конгресс провозгласил независимость Венесуэлы, а 25 декабря принял и первую конституцию.
26 марта 1812 года, в день пасхального четверга, когда все церкви Венесуэлы были заполнены молящимися, страну охватило невиданной силы землетрясение. Города мгновенно превращались в руины, погребая под собой жителей. Испанцы немедленно воспользовались трагедией для враждебной пропаганды среди верующих, внушая, что постигшее страну несчастье — «кара божья». Активизировала свои действия и контрреволюция.
Миранда в ответ привел свою армию в полную боеготовность, а Национальный конгресс в апреле 1812 года назначил его главнокомандующим всей венесуэльской армией, присвоив чин генералиссимуса и наделив диктаторскими полномочиями.
Генералиссимус Себастьян-Франсиско Миранда активно действовал против контрреволюции, но силы были довольно неравны, и 30 июля испанцам удалось захватить крепость Пуэрто-Кабалто. И тут Миранда совершил просчет, начав с испанцами переговоры о перемирии. Когда его армия узнала о переговорах, начались паника и дезертирство. Всякое перемирие теперь оказалось сорванным, и 25 июля Миранда был вынужден подписать в Сан-Матео акт о капитуляции венесуэльской армии. В ночь с 30 на 31 июля он в очередной раз был арестован и заключен в тюрьму в Ла-Гуайре.
Лидер движения за независимость Симон Боливар резко осудил капитуляцию Миранды и сам возглавил остатки армии. 21 декабря 1812 года войска под его командой начали поход на Каракас. Напуганный приближением революционной армии, вождь контрреволюции Моитеверде отправил Миранду в крепость Пуэрто-Кабельо, а потом на остров Сальвадор. Но местный губернатор отнесся к Миранде вполне доброжелательно и не ущемлял его свободы. Это дало возможность Миранде не только общаться с местным населением, но и поддерживать связи с остальным миром.
Пока Миранда был лишен свободы, испанцы сумели к 1814 году подавить освободительное движение не только в Венесуэле, но и в Чили, и в Мексике.
