Несмотря на поражение войск Лжедмитрия, на его сторону перешли города и уезды юга, юго-запада и юго-востока — огромный район, охватывающий бассейн рек Днепр, Дон, Волга, Ока. Народные низы продолжали верить в легенду о «добром царе-заступнике» Дмитрии. Жители города Путивль приютили самозванца и стали собирать новые силы. «Прелестные письма», сулившие тягловому населению льготы и облегчение, дворянам — поместья, а московской аристократии — избавление от «выскочки» Бориса Годунова, создали благоприятную обстановку для победного шествия Лжедмитрия на московский трон. Весной 1605 г. интервенты возобновили поход на Москву.
13 апреля 1605 г. скоропостижно скончался Борис Годунов. Царская армия, осаждавшая Кромы, не присягнула 16-летнему сыну Годунова Федору. Воеводы, в том числе П.Ф. Басманов, возглавлявший войска, перешли на сторону самозванца. 1 июня 1606 г. «прелестные грамоты» появились в столице. Горожане начали громить хоромы сторонников Годуновых. Восстание городского населения против зажиточной верхушки посада и спекулянтов хлебом окончательно расчистило путь к Москве ставленнику польских феодалов. 20 июня 1605 г. Лжедмитрий в сопровождении поляков и казаков прибыл в столицу и через месяц был увенчан шапкой Мономаха.
Оценивая эти события, Н.М. Карамзин писал, что царь Федор Борисович Годунов «цвел добродетелею и надеждою: столько имел и столько обещал для счастья России, если бы оно угодно было Провидению», но он был свергнут с престола и вместе с матерью умерщвлен. Прах его отца изъяли из порфирородных погребений кремлевского Архангела Михаила (Архангельского) собора. Он был перенесен в убогой деревянной раке в девичий Варсонофьевский монастырь на Сретенке и погребен уединенно там, где уже покоились его сын и жена. Затем останки Годуновых перенесли в Троице-Сергиев монастырь[2], где при Успенском соборе устроили им семейную усыпальницу (1782).
Решалась и судьба приверженцев Бориса Годунова. Из Москвы, подвергнув изгнанию, удалили более 70 опальных семейств и отправили их в темницы и ссылки.
Был сведен с патриаршества и предстоятель Иов. Лжедмитрий боялся и предположить, что многообличительный старец мог бы благословить его на государство, с благоговейным видом возложив царский венец на своего беглого послушника. И «важнейшего свидетеля истины, противного самозванцу», на простой тележке свезли в Старицкий Богородицкий монастырь под Тверью, где полувеком прежде подвижник принял иноческий постриг.
