Для осуществления убийств в таких масштабах в помощь вермахту в мае-июне нацисты сформировали четыре мобильные группы (айнзатцгруппы) — A, B, C и D. Каждая из них подразделялась на айнзатцкоманды и зондеркоманды. Предполагалось, что зондеркоманды будут оперировать в прифронтовых районах, а айнзатцкоманды — в тыловых. На практике территориальное разграничение функций быстро стерлось, и команды действовали в зависимости от приказов и обстановки. Руководители этих оперативных групп и начальники команд были все людьми высокообразованными, многие с университетскими дипломами, а несколько человек имели докторскую степень. Кроме опытных полицейских чинов, в их рядах находились адвокаты, юристы, люди искусства, врач и даже бывший пастор.
Принципиально важно, что все приготовления к нападению осуществлялись независимо от политики советских властей. Лишь накануне агрессии фашистская пропаганда придумала оправдательную схему. Ее суть сводилась к «агрессивным намерениям Кремля», которые вермахт «вынужденно» предотвратил. Тезис о «превентивной войне» превратился в конек нацистской пропаганды. А. Гитлер и сам в него поверил. По его приказу все высшие советские офицеры из числа военнопленных всегда опрашивались на эту тему. Затем текст печатался крупным шрифтом (фюрер не любил читать в очках) и посылался лично А. Гитлеру. Кроме сведений о большой численности войск, других убедительных данных немцы так и не собрали. Однако тезис широко использовался генералами вермахта для собственного оправдания, и до сих пор он циркулирует в праворадикальной литературе. Отдельные авторы называют даже конкретные даты предполагаемого советского «удара». Ни в архивах Кремля, ни в архивах Генштаба и Министерства обороны до настоящего времени никаких подробных указаний или приказов не обнаружено.
Первоначально А. Гитлер планировал нападение на май 1941 г., но из-за событий на Балканах в марте и апреле окончательную дату перенесли на июнь. В Югославии 27 марта произошел государственный переворот, заслугу в организации которого приписывали себе как советская, так и британская разведка. Поскольку до сих пор у историков нет убедительных данных, какая-то из разведок, а может быть и обе, «преувеличивают» свое влияние. В Москве решили воспользоваться ситуацией и при активном содействии югославов заключили межгосударственный договор о дружбе. Однако наличие неподконтрольного государства, да еще сотрудничающего с Россией, никак не входило в планы фюрера. К тому же А. Гитлер жаждал возмездия. Ему хотелось наказать сербов за «беды» Германии в 1914 г. Он специально приказал бомбить Белград (операция «Расправа»), зная, что город беззащитен и там нет даже зенитных орудий. С 6 по 12 апреля, совместно с венгерскими и итальянскими войсками, стремительным наступлением немцы быстро оккупировали Югославию, а затем нанесли поражение греческим вооруженным силам, которые до этого успешно сопротивлялись итальянцам. В конце мая немцы заняли остров Крит. Для англичан это стало чувствительным ударом — им пришлось спешно покидать Эгейское море. В итоге Балканы попали под полный контроль Германии. Южные тылы германской армии были укреплены. До «Барбароссы» оставались считанные недели.
