Бактерии в огромном количестве развиваются не только в иловых отложениях, но и в толще воды, и на сестоне. Разлагая неживые органические вещества, они выполняют очень важную функцию по самоочищению водоема от их избытка. Бактерии являются пищей для зоопланктона. В то же время слишком интенсивное развитие бактериопланктона тоже нежелательно, поэтому в пруды периодически вносят хлорную или негашеную известь, которые частично уничтожают бактерии.
Большое значение в процессе самоочищения воды пруда от органических веществ имеет перемещение донных осадков, которое возникает в результате роющей деятельности карпа. В поисках донных организмов (бентоса) карп взмучивает ил. В основном это происходит в светлое время суток. Ночью, взмученный ил вновь оседает. Постоянное перемешивание ила с водой позволяет бактериям иметь более тесный контакт с растворенным кислородом, что приводит к ускорению процессов минерализации органических веществ и очищению водоема.
В связи с большой важностью естественной пищи в питании прудовых рыб, разработан ряд методов воздействия на водную экосистему с целью стимулирования развития естественной кормовой базы пруда. Одним из них является внесение в пруд органических удобрений, которые создают благоприятную среду для развития бактерий, минерализующих органические вещества. Бактерии, являющиеся пищей для беспозвоночных ракообразных способствуют их росту и размножению, в результате биомасса зоопланктона увеличивается. Органическими удобрениями служат и остатки несъеденного корма и экскременты рыб.
Другой метод — внесение минеральных удобрений — азотных и фосфорных, являющихся питательными веществами для планктонных водорослей, которые в свою очередь потребляются планктонными ракообразными и белым толстолобиком (или гибридом толстолобиков). Отмершие или переработанные в кишечнике рыб, они оседают на дно и служат пищей для бентосных организмов и бактерий. Хорошие результаты по увеличению естественной кормовой базы, а следовательно, и рыбопродуктивности, дает метод интродукции (вселения) в выростные пруды дафний (Daphnia magna), наиболее крупного и высокопродуктивного представителя низших ракообразных (зоопланктона). Чистая культура дафний вносится в пруды при их залитии. Вместе с интродуцируемыми животными вносится корм для них в виде кормовых дрожжей, навоза или других органических удобрений. Вселенные в пруд дафнии быстро развиваются и заселяют водную толщу, подавляя развитие других, менее продуктивных животных. Повышенная биомасса дафний, являющихся излюбленной пищей сеголетков карпа, увеличивает естественную рыбопродуктивность выростных прудов на 100–400 кг/га и более.
