Император совершил и другую, дорого ему обошедшуюся ошибку, пусть и не столь очевидную, однако имевшую такие же плачевные последствия, как и вторжение в Испанию. Он допустил непростительный промах, поссорившись с католической церковью. Папа Пий VII был по натуре боязливым и уступчивым человеком, приезжал то в Париж, то в Милан, покорно короновал Наполеона и терпел от него всяческие унижения. Но хотя престарелый понтифик (родился он еще в 1740 году) и проявлял всю покорность бенедиктинского монаха, коим он и являлся, одновременно он обладал удивительной стойкостью. В результате Пий VII привел в бешенство императора, который ожидал от папы, что тот будет слепо повиноваться ему, будучи благодарным за Конкордат. Среди его прегрешений самыми тяжкими были следующие три: во-первых, папа отказался признать недействительным брак короля Жерома с американкой, во-вторых, он отказался признать Жозефа королем Неаполя и, в-третьих, настоял на сохранении нейтралитета и отказался закрыть порты Папской области для английских судов. Более того, он не мог терпеть дальнейшее вмешательство в дела церкви. В апреле 1808 года наполеоновские войска заняли Рим, а в 1809 году вотчина Св. Петра оказалась поглощена разбухшей Французской империей. Пий VII отлучил захватчиков от церкви, а сам оказался пленником в Савоне в Апеннинах. Католики повсеместно (даже дядя Феш, прелат-политик, каких редко знала история) кипели возмущением. Во Франции церковь, очищенная и обновленная годами преследований, также намеревалась обратиться к роялизму и контрреволюции и тем самым под шумок развернуть внушительную кампанию против императорского режима. И тогда Наполеон обнаружит, что он в безрассудстве нанес непоправимый ущерб своей популярности даже среди тех, кто до этого был самым ревностным его сторонником.
Испанская война и назревающий конфликт с папством однозначно свидетельствовали о надвигающейся опасности. И действительно, Талейран, в высшей степени реалист, оставил пост министра иностранных дел еще в августе 1807 года. Он был убежден, что его властелин замахнулся слишком высоко. Согласно его рассказам «создается впечатление, что в тот решающий период его (Наполеона) карьеры, того несло вперед некой силой, которой невозможно было противостоять и которая затмевала все доводы разума. Его испанская кампания была откровенным безумием». И Талейран, и Фуше видели грядущую катастрофу и начали плести против Наполеона интриги. От других не ускользнуло это ухудшение, даже во внешнем облике императора проявились признаки упадка. Герцог де Бролье, видевший Наполеона весной 1808 года по пути в Байонну, чтобы там силой вырвать у испанской королевской фамилии отречение, вспоминает;
