Однако подобные политические маневры помогали мало. Сопротивление оккупантам активизировалось. Так, крупные крестьянские восстания прошли на Западной (Индрамайю, Бантен, Тасикмалайя) и Восточной Яве (Мадиун, Блитар), в Аче и на о. Хальмахера.. Близ Маланга группы сопротивления Пустили под откос воинский эшелон. Восстали папуасские племена Западного Ириана, сумевшие оттеснить японцев на побережье. Но все это были лишь разрозненные выступления. Ответом на них стал еще более свирепый террор оккупантов.
Войска ПЕТА также проникались антияпонскими настроениями. 14 февраля 1945 г. восстал батальон в г. Блитаре. Его руководители, индонезийские офицеры и сержанты, надеялись вдохновить своим примером всю армию ПЕТА, подняв ее на восстание. Захватив город и перебив японцев, батальон закрепился на горе Келуд. Но всеобщего восстания не последовало. Гора была вскоре окружена плотным кольцом японских войск. Повстанцев обманом принудили к сдаче и судили. Руководители были казнены или брошены в тюрьмы, батальон расформирован.
Активизировались и подпольные антияпонские организации. Группа Гериндом (Движение молодой Индонезии) во главе с молодыми коммунистами Айдитом, Лукманом, С. Кертапати вела пропагандистскую работу среди военизированных индонезийских формирований. Две другие группы успешно действовали среди транспортников и нефтяников, организуя акты саботажа и диверсий. Среди организаций мелкобуржуазной радикальной молодежи, оповещавшей население о японских поражениях на фронтах, выделялась группа Сукарни — А. Малика, сумевшая подчинить своему влиянию роту ПЕТА в местечке Ренгасденгклок близ Батавии. На Западе исследователи незаслуженно выделяют деятельность подпольной группы С. Шарира, в которой было много бывших членов Пендидикан. В сущности, активность ее сводилась к прослушиванию передач Би- би–си и контактам, с одной стороны, с молодежными антияпонскими группами, с другой — с Сукарно и Хаттой. Легально существовал «Интернат индонезийской независимости» во главе с умеренным националистом Субарджо и коммунистом Виканой. Он был основан в конце 1944 г. в столице при содействии японского контр–адмирала Маэды, раньше других японских военачальников осознавшего неизбежность скорого поражения Японии и сделавшего ставку на контакты своей страны в будущем с независимой Индонезией, а не голландской колонией. В этой своеобразной «политакадемии» преподавали Сукарно, Хатта, Шарир и другие крупные лидеры национального движения.
