Отслужив в командовании авиации британской зоны оккупации в Германии, Скальски решил вернуться на родину. В июне 1947 г. он прибыл в Польшу, где встретил очень холодный прием. Тем не менее, уже 24 июня он начал служить инспектором по технике пилотирования в Народной Авиации Польши (Ludowe Lotnictwo Poiskie).
Скальски быстро понял, что польская авиация находится под полным советским контролем, а сам он может быть уволен или даже устранен. Оценив такую перспективу, он начал готовить побег на Запад. Однако сделать это оказалось непросто, т.к. Скальски находился под плотной опекой польской службы безопасности, узнавшей от агента в Великобритании о намерениях знаменитого аса. Его вела информатор Анна Радзиминска (Hanna Radzyminska), которая действовала по заданию подп-ка Артура Риттер-Ястжембского (Artur Ritter-Jastrzbski)[* Именно он стал прототипом знаменитого киногероя Ганса Клосса в польском фильме «Ставка больше, чем жизнь», демонстрировавшемся и на советских экранах.].
4 июня 1948 г. Анна привела Скальски на встречу с другими пилотами в дом Владислава Сливински (Wtadystaw Sliwinski)[** После ареста был обвинен в шпионаже в интересах Великобритании и расстрелян.], бывшего летчика 303-й эскадрильи RAF. Здесь особисты и накрыли все собрание. Скальски попал на улицу Кошикову (польский аналог выражения «попасть на Лубянку»), Главным обвинением, выдвинутым против него, стала передача информации о польских ВВС иностранным военным атташе и Владиславу Сливински. Однако у следователей не было достаточных улик, а лишь сведения из доносов, и они не гнушались никакими средствами, стараясь выбить из Скальски признание вины.
Состоявшийся 7 апреля 1950 г. суд вынес лучшему польскому асу смертный приговор. Однако приводить его в исполнение власти не спешили, возможно, не желая международного скандала, который, безусловно, разгорелся бы в случае расстрела столь известного героя войны.
Скальски предложили написать прошение о помиловании, он отказался, но это сделала его мать в апреле 1951 г. Затем Президент Польши Болеслав Берут (Bolestaw Bierut) заменил смертный приговор на пожизненное заключение. Самого узника об этом не известили, и перевели в тюрьму города Равич. Во время пребывания там Скальски как мог выражал свой протест: не подчинялся распорядку и подбивал к тому же остальных заключенных, неоднократно выражал свое мнение об Иосифе Сталине, польских властях, сотрудниках госбезопасности. Отношение администрации «исправительного заведения» к строптивому арестанту было соответствующим.
