Иоакима Вацетиса не любили в ВЧК, что погубило его военную карьеру. Возможно, потому что он держался независимо. 18 апреля 1919 года главком Вацетис в подробном докладе Ленину пожаловался, что комиссары обижают высокообразованных офицеров, которые тащат на себе всю штабную работу, трудятся «в высшей степени добросовестно, честно и с гораздо большей затратой энергии, чем это делалось и требовалось условиями службы старой императорской армии».
Еще 20 октября 1917 года Военно-революционный комитет при Петроградском совете создал институт военных комиссаров, которые должны были представлять в воинских частях советскую власть, контролировать действия военных специалистов и следить за тем, чтобы они не перебегали к врагу. Троцкий так и писал в 1918 году: «Комиссары ставятся у нас в первую голову для наблюдения за командным составом. Если командир перебежал, виноват комиссар, и в боевой обстановке он за это отвечает головой».
Но многие военкомы в принципе не доверяли бывшим офицерам и стали вмешиваться в чисто военные дела. Вацетис писал об оскорбительном недоверии к бывшим офицерам, которые по своей воле пошли служить советской власти, жаловался на несправедливое отношение к ним со стороны комиссаров:
«Скажу откровенно, что каждый комиссар, назначенный контролировать деятельность какого-нибудь отдела в штабе, имеет своим затаенным желанием поймать в контрреволюционности и предательстве какое-нибудь лицо Генштаба… Такими замашками страдали жандармы старого режима, служебное повышение которых находилось в сильной степени в зависимости от того, сколько удастся раскрыть заговоров против самодержавного строя…»
Вацетис перечислил ряд бывших офицеров, которые были арестованы без всякой вины, и добавил, что такие аресты внушают страх остальным офицерам. Он просил проверить правомерность действий начальника Особого отдела ВЧК Михаила Сергеевича Кедрова:
«Товарищ Кедров мне известен по весьма неудачному командованию им 6-й армией, во время которого он совершенно незаконно, не имея никаких прав на это, приказал арестовать командующего 2-й армией товарища Блохина и весь штаб 2-й армии, добавив в телеграмме, что, если надо, то и расстрелять.
2-я армия Кедрову подчинена не была. За этот поступок Кедров был уволен с должности командующего 6-й армией. Этим своим незаконным и необдуманным арестом Кедров совершенно разбил управление 2-й армии, вследствие чего развалилась 2-я армия, и это было в тяжелые дни, когда чехословаки захватили Казань и грозили продвижением в центр Республики…»
