Война 1812 года приостановила организацию военных поселений.
В 1816 г. Аракчеев продолжил выполнять царские поручения. В Высоцкую волость Новгородской губернии был поселен батальон гренадерского полка. Вся эта волость была изъята из гражданского подчинения, и для управления ею был командирован личный адъютант Аракчеева. Мужики волости были объявлены военными поселянами, их обрили, надели на них мундиры и заставили учиться строевой службе.
Военные поселения росли и развивались необычайно быстро, так что к 1825 г. корпус военных поселений состоял из 90 батальонов пехоты новгородских и 36 батальонов пехоты украинских поселений.
На военные поселения было потрачено много средств, чтобы устроить их быт прочно и планомерно. Жизнь поселенцев была скована мелочной мертвящей военной регламентацией: всякое хозяйство находилось под непрестанным надзором начальства; нерадивый хозяин мог быть лишен хозяйства и даже выслан из волости. За малейшие проступки виновные подвергались телесным наказаниям. Система военного строевого обучения основывалась на побоях. Порка провинившегося была обычным явлением — в военных поселениях использовались целые возы заблаговременно заготовленных розог.
Все земледельческие работы выполнялись по приказам и под надзором начальников. Начальники были малосведущи в сельскохозяйственном производстве и свое главное внимание обращали на военное обучение, очень часто эти работы начинались несвоевременно и не отличались хорошим качеством: хлеб осыпался на корню, сено гнило от дождей. К этому добавлялось всеобщее взяточничество начальствующих лиц, начиная с офицеров. При этом следует отметить, что «сам Аракчеев был человек материально честный, и те огромные суммы, которые проходили через его руки, к этим рукам не прилипали» (А. А. Корнилов). Но Аракчеев, требовавший от своих подчиненных только внешнего порядка, не мог искоренить всеобщего грабежа. Поэтому для устройства военных поселений государство вынуждено было прибегать к новым расходам. По данным исследователей, при Александре I на устройство поселений было выделено 26 млн. рублей.
Весьма уродливой была и личная жизнь военных поселенцев. От подъема до отбоя она протекала под бдительным оком специальных командиров. Никакой личной свободы, никаких занятий, не предусмотренных регламентом. Браки заключались тоже с разрешения начальства. Военной дисциплине были подчинены не только мужчины, но и женщины. Дети оставались у родителей до 7 лет. После этого они зачислялись в школу кантонистов, где воспитывались унтер-офицером и обучались грамоте, закону Божию, началам арифметики и ремеслам. С 12 до 18 лет они должны были принимать участие в хозяйственных работах. Затем из кантонистов старших возрастов формировались учебные эскадроны и батареи. Неудивительно, что военные поселенцы относились к системе с ненавистью, так как это была неволя — хуже крепостного права. Недовольство в военных поселениях с каждым годом нарастало. В 1817 г. произошли беспорядки в отдельных волостях Новгородской губернии, где крестьяне сопротивлялись нововведениям и отправили депутацию к императору. Особенно крупные выступления произошли в 1819 г. в Таганрогском и Чугуевском полках Слободско-Украинского поселения. Восстания были жестоко подавлены Аракчеевым.
