16 июля 1941 г. по решению ГКО состав Совета по эвакуации был реорганизован. Л.М. Каганович был заменен на посту председателя Совета Н.М. Шверником. В состав нового Совета по эвакуации вошли также А.Н. Косыгин и М.Г. Первухин (заместители председателя), А.И. Микоян, М.З. Сабуров (в отсутствие Сабурова его заменял Г.П. Косяченко) и представитель от Наркомата внутренних дел СССР.
16 августа 1941 г. в Совет по эвакуации был дополнительно введен заместитель начальника главного управления тыла Красной Армии генерал-майор М.В. Захаров.
26 сентября 1941 г. при Совете по эвакуации было создано Управление по эвакуации населения во главе с заместителем председателя Совнаркома РСФСР К.Д. Памфиловым. Одновременно К.Д. Памфилов был введен в состав Совета по эвакуации в качестве одного из заместителей председателя Совета. (Управление но эвакуации населения существовало до 31 января 1942 г.)
Кроме того, по указанию правительства при наркоматах и ведомствах были образованы специальные бюро и комиссии по эвакуации и выделены уполномоченные для каждой группы предприятий. Контроль за перебазированием населения, оборудования и материальных ценностей осуществляла созданная при Совете по эвакуации группа инспекторов во главе с А.Н. Косыгиным.[3]
25 октября был образован еще один специальный орган – Комитет по эвакуации в глубь страны из районов прифронтовой полосы запасов продовольствия, сырья, промышленных товаров, оборудования, холодильников, текстильных, швейных, табачных фабрик и мыловаренных заводов. Он действовал до 19 декабря 1941 г. Кроме А.И. Микояна, в комитет вошли А.Н. Косыгин, В.П. Зотов, З.А. Шашков, В.А. Смирнов и Л.М. Каганович.
Уже 26 октября 1941 г. по представлению нового Комитета правительство утвердило план эвакуации хлебных грузов из районов Северного Кавказа, Воронежской, Курской, Орловской, Тульской, Рязанской, Московской областей.[4] Через три дня были утверждены планы эвакуации из прифронтовой полосы оборудования и товаров пищевой, текстильной, легкой и других отраслей промышленности. Наряду с этим по решению ГКО по восьми краям и областям страны были назначены специальные уполномоченные ГКО по делам эвакуации из районов прифронтовой полосы запасов продовольствия, мануфактуры, сырья и оборудования.
В связи с тем, что по различным причинам к середине декабря большое число эвакоэшелонов застряло по тупикам, разъездам или находилось на перевалочных базах, ГКО принял меры к ускорению продвижения эвакогрузов к месту назначения. 25 декабря 1941 г. был образован Комитет по разгрузке транзитных грузов, в который вошли А.И. Микоян, А.Н. Косыгин, Н.А. Вознесенский, А.В. Хрулев и Л.М. Каганович. Комитету по разгрузке был передан аппарат одновременно расформированного Совета по эвакуации.
