В 1859 году по ходатайству того же Катенина управление степью зауральных киргиз или Малой Орды передано из министерства иностранных дел в ведомство министерства внутренних дел с переименованием пограничной комиссии в Тургайское областное правление.
В том же 1859 году 21 марта последовало Высочайшее повеление о разделении Оренбургской епархии на Уфимскую и Оренбургскую с учреждением в Оренбурге особой епископской кафедры, на какую назначен Уфимский епископ Антоний (Радонежский). В состав новой епархии вошли: Оренбургская губерния и области Уральская и Тургайская, вследствие чего местный епископ получил титул Оренбургского и Уральского.
В 1860 году 21 июля сильный пожар истребил ½ всех городских зданий города Оренбурга.
В том же 1860 году на должность Оренбургского и Самарского генерал-губернатора поступил А. П. Безак[31], по распоряжению которого в том же году срыты были куртины крепостного вала, а на Форштадтской площади устроены Константиновские казармы.
В 1861 году последовало разрешение киргизам заводиться прочною оседлостью и заниматься хлебопашеством, вследствие чего население северной части степи, нынешние Кустанайский и Актюбинский уезды Тургайской области, превратилось из кочевого в полуоседлое и перешло от исключительного занятия скотоводством к земледелию.
В 1862 году 11 июля состоялся указ об упразднении Оренбургской крепости ― как утратившей свое значение.
В том же 1862 году, по ходатайству епископа Антония, в Оренбурге открыто духовное училище.
В том же году открыл свои действия комитет вспомоществования бедным города Оренбурга.
А. П. Безаку Оренбург обязан устройством в нем водопровода, городских «Александровских» общественных бань, ― на постройку которых употреблено около 50 тыс. рублей, ― и Александровского сквера.
В 1864 году 1 июля Оренбург пострадал от большого пожара, уничтожившего в старой слободке 600 домов. Имущественные убытки этого пожара выразились в сумме 692.894 руб. 85 коп. Погорельцам выдавалось пособие из государственного казначейства, городских сумм и из частных пожертвований на сумму 28.328 руб.; кроме денежных пособий, пострадавшим от пожара выдавался строевой лес.
В том же 1864 году 17 июня в Оренбурге учрежден городской общественный банк и возникло физико-медицинское общество.
В том же году Оренбургскому и Самарскому генерал-губернатору подчинено управление киргизами Сыр-Дарьинской линии, затем линия эта вошла в состав Туркестанской области с подчинением тому же генерал-губернатору (указ 12 февраля 1865 года).
