По ходатайству Константина Константиновича была учреждена академическая комиссия по распределению пособий и пенсий между нуждающимися учеными, их вдовами и сиротами (50 000 рублей в год). Благодаря Академии и ее президенту в 1903 году отменили глупейшее постановление сорокалетней давности о запрещении в литовских губерниях печатания книг латинским шрифтом (разрешалось только кириллицей). В 1900 году Академия, несмотря на сопротивление Святейшего Синода, добилась издания Священного писания на украинском языке. В том же году Академия добилась своего освобождения от обязанностей давать «заключения» о книгах, признанных политически вредными. В 1911 году по ходатайству Константина Константиновича у наследников Льва Толстого правительство выкупило Ясную Поляну.
Конечно, многое великий князь не сумел сделать не только из-за враждебности к Академии, как либеральному учреждению, большинства высших чиновников, но и по своему мировоззрению, ибо он почитал себя обязанным честью и правдой служить российским государям Александру III и Николаю II, а они неоднократно высказывали неодобрение свободомыслию академиков.
Так, к примеру, 27 января 1905 года в петербургской газете «Русь» опубликовали статью, подписанную 342 учеными (из них семнадцатью академиками), в которой говорилось, что «правительственная политика в области просвещения народа, внушаемая преимущественно соображениями полицейского характера, является тормозом в его развитии, она задерживает его духовный рост и ведет государство к упадку».
Несмотря на то, что Константин Константинович сам неоднократно высказывал подобные мысли, появление крамольной статьи в столь трагический для России год он посчитал действием против государя и самодержавия и послал шестнадцати академикам (имя семнадцатого — В. О. Ключевского — значилось среди подписавших статью профессоров Московского университета, а не членов Академии) циркулярные письма с выражением своего неудовольствия их поступком.
В то же время великий князь не раз бросался в бой, защищая свободомыслие. Когда в 1913 году член-корреспондент Академии И. А. Бодуэн де Куртенэ за брошюру «Национальный и территориальный признак в автономии», где говорил о неизбежной катастрофе в случае дальнейшего ущемления прав народов окраинных территорий России, был посажен на два года в петербургскую тюрьму «Кресты», именно Константин Константинович добился уменьшения наказания до трех месяцев заключения.
