В начале 1943 г. имелась возможность безо всяких последствий закрыть оставшиеся лагеря, и именно к этому должна была привести в январе реформа СПП. На них переносилась основная работа по фильтрации, но при этом расширилось и поле допустимых несанкционированных практик — командиры боевых частей предпочитали вливать «бывших военнослужащих» сразу в свои соединения. В этих условиях, когда сомнительной стала необходимость даже СПП, спецлагеря не только сохранились, но их сеть в 1943 г. стала расширяться. Причина этого видится в успешном опыте трудового использования проверяемых в промышленности в 1942 г. Теперь на систему проверки определяющее влияние оказывала борьба за рабочую силу между различными ведомствами.
Появление в спецлагерях в октябре 1943 г. новых контингентов (гражданских лиц призывного возраста и рядовых «коллаборационистов») свидетельствовало об утрате системой проверки первоначальной функции, а начало репатриации окончательно ее децентрализовало. Основная фильтрационная работа была перенесена в запасные воинские части, позже — рабочие батальоны и места постоянного жительства. В силу огромного количества репатриантов в большинстве случаев проверку осуществлял СМЕРШ в воинских частях и территориальные органы госбезопасности. Официально в ПФЛ на заключительном этапе войны должны были проверяться вызывающие особые подозрения, но статистика показывает, что степень «подозрительности» репатриируемых зависела от потребностей предприятий, обслуживаемых лагерями, в рабочей силе.
Выхолащивание сути системы проверки влияло и на саму фильтрационную работу, проводившуюся в сложных условиях. В начале 1942 г. спецлагеря оказались переполнены, поэтому в марте поступил приказ ускорить проверку. К лету, когда число проверяемых снизилось, появилась возможность активно разрабатывать немногих оставшихся. В начале 1943 г. спецлагеря должны были проверить новую волну поступающих военных вновь в сжатые сроки, после чего фильтрации все активнее начинает мешать экономическая функция спецлагерей. Нехватка у НКВД ресурсов для финансирования, недостаток рабочей силы на предприятиях страны в условиях ведомственной экономики серьезно осложнили проверку в спецлагерях.
Система проверки в целом с точки зрения контрразведки была замкнута и непрерывна. Фильтрация бывшего пленного могла начаться где и когда угодно, продолжаться сколь угодно долго и после своего успешного завершения начаться вновь уже в другом месте и при других обстоятельствах. «Фильтранта» можно было проверять бесконечно, чем территориальные органы госбезопасности и занимались после войны вплоть до смерти Сталина
