Женившись и поселившись в Дауне, Дарвин занялся разработкой новой теории эволюции, движущей силой которой был принцип естественного отбора, а не приобретенные признаки, как предполагал Ламарк. Свои размышления он оформил в виде книги, где изложил основные идеи новой теории. Несколько лет он никому не показывал этот труд. Он запечатал рукопись в конверт, который доверил на хранение жене и просил передать для публикации в случае его смерти.
В 1844 г. вышла книга Роберта Чамберса «Следы естественной истории творения», которая одновременно вдохновила и испугала Дарвина. Он считал, что в ней было слишком много обобщений, однако в ней была изложена концепция эволюции видов, весьма схожая с его собственной теорией. Успех книги доказывал, что общество нуждается в новом видении природы, даже если это видение противоречит традиции и религиозным догмам.
К этому времени Дарвин поведал о своей растущей вере в справедливость теории эволюции лишь нескольким ближайшим друзьям, включая Лайеля и Оуэна, и оба постепенно стали склоняться к его точке зрения. Кроме того, Дарвин доверился молодому ботанику Джозефу Долтону Гукеру, которому показал свой труд, составлявший на тот момент около 230 страниц. В последующие годы Гукер стал самым близким другом Дарвина и верным выразителем его идей.
Дарвин начал разрабатывать план своей главной книги. Он хотел назвать ее «Естественный отбор». Невероятный успех книги Чамберса показывал, что сочинение Дарвина тоже может стать чрезвычайно популярным. В то же время Дарвин знал о жесточайшей критике в отношении книги Чамберса и о том, с какой яростью на нее нападал его бывший учитель, профессор Седжвик, который, по-видимому, уже почувствовал, что Дарвин изменился, и поэтому отдалился от него. Это огорчало Дарвина, поскольку Седжвик относился именно к такому типу людей, которых Дарвин хотел заинтересовать и убедить. Его не привлекала маргинальная наука и такие ученые-радикалы, как Грант. Дарвин нуждался во всесторонних и, насколько это возможно, неопровержимых научных данных.
Работа была скрупулезной и продвигалась медленно. Более десяти лет Дарвин тщательно подбирал материал, который помог бы подтвердить его теорию. Он написал обширный труд о казарках и начал заниматься скрещиванием голубей в надежде нащупать дополнительные механизмы и доказательства эволюции.
По мере продвижения исследований стал проявляться один аспект теории эволюции, беспокоивший многих, особенно Гукера. Речь идет об источнике первых живых существ на Земле, который Гукер называл «искрой жизни». На фоне популярности «Следов естественной истории творения» тема происхождения жизни все чаще поднималась в прессе. В научных кругах такие люди, как Роберт Грант, продолжали выступать против библейской идеи креационизма. Гукер считал самым главным вопрос: было ли появление жизни результатом божественного вмешательства или естественным процессом, как все другие элементы эволюции? Лайеля тоже волновал этот вопрос. Если Дарвин был прав, человек терял статус «высшего существа», о котором говорил Лайель.
