К концу обучения Дарвину начало нравиться предложение отца стать сельским священником. Он представлял себе размеренную жизнь пастыря унитарианской общины, в которой оставалось бы достаточно времени для изучения природы и сочинительства. Но во время кругосветного плавания и в связи с обнаружением неопровержимых доказательств механизма функционирования природы эта мысль для него потеряла привлекательность. Сестры Дарвина уловили это изменение по его письмам домой. В письме, ожидавшем Дарвина в Фалмуте, его сестра Фанни писала: «Боюсь, мало надежды на то, что ты до сих пор ходишь в церковь».
Действительно, из путешествия на «Бигле» Дарвин вернулся другим человеком, но он по-прежнему искал поддержки респектабельного научного общества, и теперь у него не было времени на общение с мятежным и неверующим Грантом. Вернувшись в Англию, он повернулся спиной к Гранту и лицом к Генслоу и Седжвику. Дарвин искал размеренной жизни и надежной репутации. В 1839 г. он женился на своей кузине Эмме Веджвуд, с которой был знаком с детства. Позднее они приобрели дом в деревне Даун в Кенте. Дарвину нравилось спокойствие английской деревни – это было похоже на привлекавшую его когда-то жизнь сельского священника, только без паствы, которой нужно было руководить.
Религия оставалась сложным вопросом в отношениях между Дарвином и его женой. Хотя унитарианство не навязывает буквального восприятия Библии, Эмма была глубоко религиозным человеком, а Чарльз начал сомневаться еще в то время, когда они только собирались пожениться. Прежде чем сделать Эмме предложение, Чарльз признался ей в том, что начинает верить в идею трансмутации. Ей первой он рассказал о своих неортодоксальных взглядах. Позднее она писала ему, что обеспокоена сомнениями, вызванными его научными изысканиями, и боится, что религия станет «болезненным вакуумом между ними». Тем не менее она приняла его предложение, и этот союз оказался вполне счастливым.
Шли годы, Дарвин все полнее осознавал результаты своих научных изысканий и все сильнее сомневался в справедливости традиционного мировоззрения, в том числе из-за того, что трое его детей умерли в младенчестве. К концу жизни идея божественного происхождения мира стала казаться ему бессмысленной. У жизни нет никакого «плана» и никакого «замысла». Он никогда не считал себя атеистом и не был близок к радикальным атеистам, которые первыми подхватили развитую им теорию эволюции. В конце жизни он стал называть себя агностиком. Они с Эммой смогли преодолеть это расхождение в религиозных взглядах. Открыто Дарвин касался вопросов религии очень и очень осторожно.
