Лайель и Дарвин стали почти неразлучны. Какое-то время они виделись ежедневно. Лайель изо всех сил помогал своему новому протеже. Дарвина начали привлекать к работе в самых престижных научных организациях, включая Королевское общество, Королевское географическое общество и, конечно, Геологическое общество, возглавляемое Лайелем. Кроме того, Дарвин получил королевский грант для написания отчета о путешествии и своих наблюдениях, которые предстояло опубликовать в многотомном труде, задуманном Фицроем.
Дарвин занялся приведением в порядок своих путевых заметок. Для систематизации окаменелостей из Патагонии он попросил помощи у Ричарда Оуэна. Коробки с окаменелостями постепенно прибывали в Королевский колледж врачей, которым руководил Оуэн. Дарвин мог только догадываться, как будет выглядеть коллекция странных костей. Вскоре Оуэн сообщил Дарвину, что в коллекции были кости гигантской ламы и голова гигантского грызуна размером с гиппопотама. Лайель с гордостью представил находки своего протеже членам Геологического общества на выставке, названной им «Зверинцем Дарвина». Для Лайеля эти окаменелые кости были доказательством удивительного «закона преемственности», с помощью которого Господь создавал свои творения на планете Земля в определенном географическом порядке. Все существа были похожи по форме и структуре, но при этом уникальны и не связаны общностью предков.
Однако сам Дарвин уже начал подозревать, что все его образцы животных были ветвями одного семейного дерева и были связаны между собой кровным родством и генеалогической историей. Пока это была лишь догадка, но интуиция подсказывала ему, что гигантская лама как минимум должна быть родственницей современных лам, населявших Южную Америку. Должна была существовать определенная связь и какое-то объяснение, и найти их можно было, изучая законы природы. Недостаточно воспринимать эти варианты как произведения Творца. Что касается Оуэна, он был активным сторонником витализма и считал, что все живые существа несут в себе изначально присущую им «организующую энергию», определяющую такие процессы бытия, как рост и распад. Он был консервативным и религиозным человеком и, как Лайель, яростным противником идеи эволюции. В конечном итоге, оба изменили свою точку зрения. Оуэн так далеко продвинулся в противоположном направлении, что однажды упрекнул Дарвина в том, что тот не понимает значения теории эволюции для объяснения происхождения жизни.
