На Галапагосских островах Дарвин начал постепенно, с большой осторожностью, склоняться к мнению Ламарка относительно трансмутации. В обитавших на островах пересмешниках он увидел доказательства постепенного изменения видов в соответствии с требованиями окружающей среды, о чем и говорил Лайель, но пока у него не было твердой уверенности. Да, птицы различались, но Дарвину казалось, что они все же были вариантами одного вида. Он отразил свои мысли в орнитологическом дневнике. Если бы эти птицы оказались не вариантами одного вида, а представителями разных видов, «подобный факт подрывал бы идею о постоянстве видов». Их близкое соседство на островах и заметное сходство не могли быть случайностью, но указывали на происхождение от общего предка. Дарвин начинал узнавать описанный Лайелем процесс не только в геологии Земли, но и в самой жизни. Находясь на Галапагосских островах, Дарвин написал: «По-видимому, мы близко подошли к этому великому событию, загадке из загадок – первому появлению новых существ на Земле». Прошло еще 19 лет, прежде чем он объяснил, что имел в виду.
Последний год путешествия после Галапагосских островов «Бигль» провел в Тихом океане, обогнул Африку и в октябре 1836 г. прибыл в Англию, в портовый город Фалмут. В газетах появились отчеты об экспедиции, а Дарвин обнаружил, что за время его отсутствия в Англии его репутация в научном мире значительно укрепилась. На протяжении пяти лет Дарвин вел переписку с Генслоу, причем результаты геологических изысканий Дарвина настолько впечатлили его бывшего профессора, что тот собрал их в брошюру, которую распространил среди других натуралистов. Одна копия досталась Лайелю. Он не мог дождаться возвращения молодого человека, называвшего себя «последователем» Лайеля.
Через месяц после возвращения Дарвин обедал у Лайеля дома в Лондоне. Они сразу поладили, и их дружба продолжалась всю жизнь. Лайель с восхищением слушал, как Дарвин подтверждал его идеи, рассказывая о землетрясениях в далеких землях. Лайель предложил молодому человеку посодействовать на новом поприще и посоветовал остаться в Лондоне, где Дарвин оказался бы в окружении специалистов, которые помогли бы расшифровать все, что он увидел и услышал. В тот вечер Лайель пригласил на ужин одного из таких людей, молодого анатома Ричарда Оуэна, который четырьмя годами позже придумал термины «динозаврия» и «ужасные рептилии». Перед уходом Дарвина в тот вечер Лайель, возглавлявший Геологическое общество Англии, дал молодому ученому еще один, казалось бы, преждевременный совет – не тратить время на административное руководство какими бы то ни было научными организациями. Лайель был уверен, что Дарвин пойдет далеко.
