Строгановым, «благодаря которым российское государство увеличилось на такую огромную территорию», было прощено их самоуправство, их освободили от налогов, и они получили право вести торговлю с новыми землями.
Хотя хан Кучум и его мурзы были изгнаны из своей столицы, им удалось всё же снова собрать силы на Иртыше. Они постоянно держали казаков в напряжении. Ермак понимал, что до полного покорения Сибири было ещё очень далеко, он готовился к новым действиям.
Наследник Кучума, Мехмет-Куль, названный россиянами «сибирским царевичем», укрепился вблизи Вагая, между Тоболом и Ишимом. По пути к Куларскому озеру на него внезапно напали шестьдесят казаков и разгромили его отряд, а самого Мехмет-Куля захватили в плен. Ермак после некоторого колебания велел своему атаману Ивану Грозе передать знатного пленника и добычу новому государю Фёдору Ивановичу, вступившему на престол в 1584 году. Мехмет-Куля встретили в Москве с почётом. Он принимал участие в войне со Швецией в 1590 году и снискал уважение русских своей храбростью. В 1598 году Мехмет-Куль оказал помощь царю Борису Фёдоровичу Годунову под Серпуховом, где россияне подверглись нападению крымских татар.
Тем временем Ермак отправил атамана Богдана Брязгу с пятьюдесятью казаками на нижнее течение Иртыша собрать подать с татар и с остяков. Атаману удалось пройти без труда через все завоёванные земли. Однако на реке Аримдзянке татары, укрепившиеся в маленькой крепости, оказали ему сопротивление. Богдан взял крепость штурмом, а пленных, отказавшихся присягать российскому государю на скрещённых саблях, с которых ещё капала кровь, приказал расстреливать или вешать за ноги. Жестокость Брязги не осталась в будущем без последствий. Сам Ермак со своим войском подошёл к Оби и захватил остяцкие форты на реке Назым, притоке Оби, при её впадении в Иртыш. Проходя через Кодек, представлявший собой несколько селений, он захватил богатую добычу. В том же 1583 году Ермак вышел к реке Тардын и подавил восстание вогульских племён, подчинив их снова российскому государю.
Татарский мурза Карача, владения которого на Тоболе разграбили казаки, попытался посредством военной хитрости расчленить войско Ермака. Он направил Ермаку послание с просьбой оказать ему помощь в борьбе против киргизских казаков. В призрачной надежде переманить этого важного мурзу на свою сторону Ермак послал тому в помощь атамана Ивана Кольцо с сорока казаками. Их всех до единого уничтожили. Мурза Карача призывал татар и остяков убивать сборщиков налогов, которых посылал Ермак. Затем Карача осадил столичный город Сибирь, окружив его своей ратью. Не надеясь на выручку, небольшой гарнизон предпринял отчаянную попытку вырваться из окружения в ночь на 9 мая, в день поминания Святого Николая, которого казаки считали своим покровителем. Не нападая на осаждавших в открытую, казаки осторожно и очень тихо переплыли на лодках Иртыш и обрушились на лагерь Карачи. Противник был застигнут врасплох. В последующих стычках погибли оба сына Карачи. Ему самому с небольшим количеством своих воинов едва удалось спастись бегством, однако осаждавшие уже не могли оказать помощь своему князю, было слишком поздно. На следующее утро они перешли в контратаку. Бой длился весь день; в конце концов, казаки одержали победу над противником, который понёс большие потери.
