Наряду с десятинами и соборными церквами важную оганизующую роль в консолидации белого и чёрного духовенства играл институт архимандритии. Окружная грамота митрополита Макария от 26 февраля 1547 г. по поводу московского канонизационного собора была адресована во «всю Вологодскую и Белозерскую десятину» и составляющие её «звенья» – архимандритам, игуменам, протопопам, градским и сельским попам и дьяконам. Но насколько соответствует действительности упоминание в грамоте именно архимандритов? В тот момент о существовании архимандритии в пределах митрополичьей десятины в Вологде и на Белоозере можно говорить только применительно к домовому Воскресенскому Череповецкому монастырю (в Белозерском уезде), первые архимандриты которого отмечены в справочнике П. М. Строева под 1461 г. Ни тогда, ни позже архимандритии не имел старейший в Белозерском крае Троицкий Усть-Шехонский монастырь.
На пространстве Вологодско-Пермской епархии высокий сан архимандрита впервые получил настоятель Спасо-Каменного монастыря Афанасий не ранее декабря 1560 г. и не позднее мая 1562 г. Скорее всего, это произошло в связи с ликвидацией владельческих прав ярославских князей (со смертью в 1562 г. последнего представителя их старшей ветви кн. Ив. Вас. Пенкова) на заозерскую часть спасо-каменской вотчины, а также в связи с окончательным переносом на Вологду архиерейской кафедры. Хронологическая грань этого события определяется тем, что в декабре 1560 г. при игумене Афанасии из Москвы в монастырь был привезён колокол, а в мае 1562 г. в жалованной грамоте Ивана IV тот же Афанасий уже поименован архимандритом. Поскольку в 1558 г. при игумене Афанасии в монастыре строится церковь во имя Усекновения Честные Главы Иоанна Предтечи (небесного патрона царя), то без личного благоволения монарха к настоятелю здесь не обошлось, что могло сыграть роль в получении им высокого звания архимандрита.
И хотя Спасо-Прилуцкий монастырь был намного ближе расположен к городу, предпочтение всё же было отдано островному, но зато более древнему (первому в Вологодских пределах, как говорилось в Повести о Троицком Усть-Шехонском монастыре) Спасо-Каменному монастырю. Допустимо предположение, что тем самым их политический вес в какой-то степени уравнивался: основатель Спасо-Прилуцкой обители Димитрий имел общерусское почитание, а Спасо-Каменный монастырь, желаемый «кандидат» которого на такой же статус князь-инок Иоасаф Каменский из-за своей удельнокняжеской принадлежности не имел шансов стать общерусским святым, обрёл архимандритию. Не исключено, что свою роль сыграл и больший на тот момент экономический потенциал Спасо-Каменного монастыря по сравнению не только со Спасо-Прилуцким, но и с любым другим тогдашним монастырём Вологодско-Пермской епархии.
