Учреждение архимандритии в Спасо-Каменном монастыре (хотя он и не являлся в строгом смысле городским) способствовало сословной консолидации, пусть и сравнительно поздней, в Вологодской епархии, чёрного духовенства, воплощало в себе его «представительство». Во всяком случае, спасо-каменские архимандриты присутствовали практически на всех церковных и церковно-земских соборах конца XVI–XVII в. и первыми ставили свои подписи под соборными актами.
Первым настоятелем, получившим почётный титул архимандрита, в рамках Устюжской десятины Ростовской епархии стал глава Михайло-Архангельского монастыря (не позднее 1510 г.). Отметим близость судебного статуса этой обители и соборной Успенской церкви – для обоих в XV-начале XVI в. существовал единый срок по предъявлению гражданских и духовных исков – Сретение. Второй после Михайло-Архангельского монастыря в Устюжском крае была архимандрития во Введенском Сольвычегодском монастыре, установленная не позднее 1605 г. В грамоте Ростовского митрополита Кирилла о поминовении умершего царя Б. Ф. Годунова от 19 марта 1605 г. церковная организация Сольвычегодска и Усольского уезда выглядит вполне сложившейся – помимо Введенского архимандрита, в неё входил протопоп соборной Благовещенской церкви, игумены второстепенных монастырей, попы и дьяконы посадских церквей. В рамках отдельно взятых севернорусских городов с прилегающей к ним округой соборные церкви (с их протопопиями) и институты архимандритии играли организующую местное белое и чёрное духовенство роль.
В более раннее время, при отсутствии института архимандритии, организация чёрного духовенства Белозерско-Вологодского края по-своему была иерархична. В этом отношении показательна грамота вел. кнг. Марии Ярославны в Кириллов монастырь о поминовении Пафнутия Боровского 1477–1482 гг. В ней Кириллов, Ферапонтов и Спасо-Каменный монастыри получали на поминальную «кормлю» по 3–4 руб. «и с тем, монастырями, которые к ним тянут». Группа других монастырей в соответствии с получаемой «кормлей» – 1,5 руб. – занимала более младшее положение (Павлов Обнорский, Спасо-Прилуцкий, Николо-Озерский, Покровский Сямженский), а далее указывался Покровский Глушицкий (1 руб.), белозерские Никитский на Шексне и Троицкий Усть-Шехонский (по 25 алт.) монастыри.
О существовании епархиальной иерархии монастырей свидетельствует опубликованная В. С. Румянцевой «Вологодская степень», а составлена была она в архиерейском доме в 1620-х гг. Не случайно в ней на первое место был поставлен именно Спасо-Каменный монастырь, на второе – Спасо-Прилуцкий. Иногда царская власть вмешивалась в соблюдение «субординации» монастырей. В 1647 г. царь Алексей Михайлович предписал Вологодскому архиепископу Маркеллу соблюдать в рамках «освященного собора» своей епархии старшинство игумена Дионисьево-Глушицкого монастыря над игуменом Корнильево-Комельского, чтобы игумен последнего Антоний не «отымал то место» у глушицкого настоятеля. Такое решение было принято царём на основании разысканной среди документов Приказа Большого дворца более древней «Вологодской степени». Сама же деятельность института соборного представительства в Вологодской епархии XVII в. осуществлялась и в форме соборных заседаний при владыке, и в коллективных богослужениях «о государевом здравии и всего православного христианства».
