Ряд фрагментов рукописи к этому времени уже публиковался в качестве отдельных статей в тех или иных научных журналах. В четвертом номере за 1999 год журнала «Полис» появилась статья «Геополитика как мировидение и род занятий» – ранний вариант первой главы диссертации. В этом тексте автор раскрывает свое понимание «геополитики», решительно отказывая этой дисциплине в статусе науки: это позволяет ему анализировать взгляды не только политгеографов В.П. Семенова-Тянь-Шанского и П.Н. Савицкого или такого представителя наукообразной политической публицистики, как Н.Я. Данилевский, но и писателей, философов и даже святых, как св. Серафим Саровский.
Но уже в 2001–2002 годах увлеченной работе над диссертацией, многочасовому пребыванию в Ленинке нередко препятствовала болезнь и накопившаяся усталость, 9 декабря 2003 года, по просьбе Цымбурского, руководители Диссертационного совета при ИФ РАН И.К. Пантин и Е.А. Самарская обращаются в ВАК с Ходатайством о разрешении ему заменить полный текст диссертации научным докладом объемом около 4 п.л., вынеся на защиту «разделы работы, имеющие непосредственно политологический характер: во-первых, раздел методологический, содержащий описание циклов системы "Европа-Россия" и волн западного милитаризма, с обоснованием геостратегического двоеритмия России XVIII-XX вв.; во-вторых, раздел, демонстрирующий результаты применения этой концепции к материалу российской геополитики, а также формы и аспекты политологического анализа, проистекающие из такого применения и основывающиеся на нем».
24 декабря 2003 года из ВАКа за подписью Начальника отдела гуманитарных и общественных наук Н.И. Загузова пришел ответ следующего содержания: «Экспертный совет ВАК Минобразования России по политологии, рассмотрев ходатайство Вашего совета о возможности защиты в виде научного доклада диссертации В.Л. Цымбурского «Морфология российской геополитики и динамика международных систем XVIII-XX вв.», принял решение вернуться к обсуждению этого вопроса после опубликования основной монографии автора по теме исследования «Морфология российской политики»». Четыре небольшие монографические исследования Цымбурского и целая серия его статей, список которых был приложен к Ходатайству, не были сочтены основанием для замены диссертации научным докладом[3].
Цымбурский, по всей видимости, рассчитывал на иной ответ, в 2004 году он не просто отказывается продолжать работу над докторской, но и фактически уходит из политологического цеха, разрывает со многими коллегами, оставшимися в нем, не только деловые, но и личные отношения. Он продолжает работать в Институте философии, в секторе политической философии, которым руководит И. К. Пантин, но его явно начинает тянуть в сторону других, посторонних геополитике научных интересов. Он возвращается к изысканиям в области классической филологии, дорабатывает целый ряд этюдов в разных областях гуманитарного знания, наконец, открывает для себя новую область интеллектуальной деятельности на грани историософии и философии – хронополитику, для чего выбирает в качестве настольной книги мало ценимый академическими учеными второй том «Заката Европы» Шпенглера
