С 1815 до 1863 года при возвратившихся в Неаполь Бурбонах раскопки постепенно замирали, пока не прекратились совсем. Новый этап в раскопках Помпей наступил в 1868 году, когда правительство объединенной Италии привлекло к руководству работами знаменитого Джузеппе Фиорелли. Роль этого археолога в восстановлении города как единого целого трудно переоценить. Он навсегда прекратил практику добывания отдельных ценностей для музеев. Главной исторической ценностью был объявлен сам город, для изучения которого важен каждый самый незначительный предмет. При Фиорелли сначала убрали с территории Помпей горы мусора, оставленные предшественниками. Только после этого приступили к расчистке пространства, находящегося между открытыми ранее домами. Через двенадцать лет общий вид города совершенно преобразился. Вместо торчащих из груды затвердевшего пепла отдельных частей зданий появились целые кварталы домов с пересекающимися улицами и переулками. Существенно изменив метод раскопок, Фиорелли вернул многим помпейским домам их перекрытия и даже вторые этажи. Предшественники Фиорелли расчищали часть улиц перед открываемым домом и проникали в него через дверь. Внутреннее пространство расчищалось снизу вверх. В результате этой практики, как правило, обрушивались перекрытия вместе с верхними этажами и стенами. Фиорелли впервые ввел расчистку целого квартала слоями сверху вниз. Пустоты от сгнивших балок и других деревянных конструкций здания он предложил заливать гипсом. Получившиеся слепки служили образцами для изготовления новых прочных балок, которые устанавливались в свои старые гнезда. Методом Фиорелли широко пользуются и современные археологи. Например, для определения сортов растений гипсом заливаются лунки, оставшиеся в почве от их корней.
Фиорелли можно назвать первым музейным популяризатором. Он организовал обслуживание туристов, ввел плату за посещение города, подготовил квалифицированных экскурсоводов. В своих сотрудниках он воспитал преданность их общему делу и неподкупность. Все эти меры положили конец расхищению древних памятников на раскопках. Фиорелли стоит у истоков изучения истории города, установив несколько периодов его застройки. За неоценимые заслуги в деле восстановления Помпей и развития археологии Фиорелли удостоился бронзового бюста, установленного на помпейском форуме. Традиции и школа этого ученого продолжали существовать и после его отъезда в Рим в связи с назначением на пост главного директора всех итальянских музеев и раскопок.
