Найденная им надпись «Помпеи» не убедила его. Он думал, что нашел усадьбу Помпея.
В 1748 году испанец Алькубиерре, инспектировавший водопровод Фонтаны, услышал, что в этом районе многие находят различные древние предметы. 30 марта 1748 года Алькубиерре с разрешения неаполитанского короля Карла III Бурбона и при помощи двенадцати закованных в цепи каторжников начал поиски древностей. Эту дату считают началом раскопок в Помпеях. Через некоторое время Алькубиерре нашел надпись «город помпейцев», положившую конец сомнениям. В истории раскопок Помпей можно наметить несколько периодов, соответствующих истории развития самой археологии. Поиски Алькубиерре, по существу, были самым настоящим «кладоискательством», которое принесло больше вреда, чем пользы для науки. Работы велись без плана. Здания, из которых похищались произведения искусства, разрушались, засыпались землей. Куски мозаик, бронза, мрамор, фрагменты росписей увозились в Неаполь без необходимых сведений о месте их находок. Некоторые росписи и надписи уничтожались вовсе.
Этот хаос до некоторой степени был приостановлен в 1764 году, когда во главе раскопок встал Франческо ля Вега. Этот ученый начал вести подробный дневник работ, снабженный точными чертежами и зарисовками. Но в остальном ля Вега повторил ошибки своих предшественников. Его интересовали только отдельные предметы, обладающие музейной ценностью, а не весь комплекс в целом. При этой хищнической деятельности сильно страдала архитектура не только отдельных домов, но и всего города. Колоссальный вред принесли грабители, занимавшиеся своим черным ремеслом по заказу богатых коллекционеров. По словам Гете, в тайных хранилищах английского посланника Гамильтона среди многочисленных произведений искусства находились бронзовые канделябры, «затерявшиеся здесь из помпейских могил». До самого конца XVIII века раскопки в Помпеях, которые велись на нищенские средства небольшим количеством неквалифицированных рабочих, продвигались очень медленно.
Заметное улучшение наступило в начале XIX века, при короле Иосифе Бонапарте (брате Наполеона).
С 1807 года руководство раскопками было поручено решительному и деловому ученому Михаилу Ардити. Он составил план работ, предложил государству приобрести территорию большую, чем занимают Помпеи, для того чтобы сбрасывать туда выкопанную землю и не заваливать ею соседние дома, как это практиковалось раньше. Ардити начал впервые проводить раскопки по определенной системе. Он добился увеличения ассигнований, что позволило ему нанимать до ста пятидесяти рабочих одновременно. Еще шире работы развернулись при новом короле, зяте Наполеона, Мюрате, и его жене королеве Каролине. Число рабочих было доведено до семисот. За сравнительно короткий период правления Мюрата были раскопаны часть крепостных стен, Дорога гробниц, форум с окружающими его сооружениями и большая часть амфитеатра.
