Вместо отмененного "Распутина" состоялась операция "Царин" ("Царица"), однако участие в ней "Кельна" ограничилось 5-ю членами призовой команды. "Хиппер" и 4 эсминца вышли в поход без легкого крейсера (интересно, что командование считало даже далеко не идеальные в этом отношении эсминцы типа "Z" более мореходными, чем "Кельн"!). Некоторым утешением ему должна была стать операция "Блиц" - удар по метеостанциям противника на острове Медвежий. Предполагалось, что его нанесет "Кельн" и 4 эсминца, которые высадит десант в 100 человек. Выход планировался на конец октября - начало декабря. "Люфтваффе" осуществило "вступление" в операцию, выбросив небольшой парашютный десант на Медвежьем 19 октября, однако из-за недостаточной подготовки десантной партии корабли так и не вышли. По данным разведки метеостанций союзников на Медвежьем не было обнаружено, и по этой причине, а также в связи с постоянной плохой погодой операцию окончательно похоронили.
Следующим несостоявшимся выходом "Кельна" стал "новогодний бой" - операция "Регенбоген" против союзного конвоя "JW-51" в последние дни декабря 1942 г. Участие в нем легкого крейсера и "Лютцова" стало предметом обширных дискуссий между командованием группы "Север" и ОКМ. В итоге "карманный линкор" вышел в море, а "Кельн" вновь остался на стоянке. Но это не изменило судьбы корабля: в феврале он вместе со спешно залатанным "Хиппером" отправился на родину, где их ждал вывод в резерв.
Весь 1943 год "Кельн" простоял у стенки, причем с июня - в качестве плавучей казармы. Столь же печально начался и следующий, 1944 г. Только ухудшение положения на Восточном фронте заставило командование заняться судьбой опального крейсера. буксиры перетащили его из Киля в Пиллау, затем в Кенигсберг, где 17 февраля начался восстановительный ремонт. Работы продолжились до середины июня, за ними последовали послеремонтные испытания, и только осенью корабль вновь приступил к учебной службе. И все же "Кельну" удалось еще раз поучаствовать в активных действиях. Задание, поставленное в начале октября 1944 г, заключалось в обновлении минных заграждений в проливе Скагеррак. 11 октября крейсер принял в Свинемюнде 90 мин и выполнил задачу, после чего в сопровождении эсминцев "Байтцен" и "Инн" отправился в Осло-фиорд, в бывшую базу норвежских ВМФ Хортен, ставшую относительно безопасным местом сосредоточения для немецких кораблей, которые стали целью союзных бомбардировщиков во всех портах Германии. Тем не менее, авиация настигла крейсер и здесь: 13 декабря 1944 г бомбардировщики-торпедоносцы "Бофайтер" 5-й группы Бомбардировочного Командования ВВС Великобритании совершили налет, продолжавшийся 20 минут. Хотя "Кельн" и не получил прямых попаданий, близкие разрывы повредили валы, и он не мог развивать более 15 узлов. Необходимость ремонта была очевидна, и 12 января 1945 г корабль вернулся в Киль, затем перешел по Кильскому каналу в Вильгельмсхафен и 14-го встал в док. Авианалеты мешали проведению работ, и до конца марта мало что удалось сделать. А 30 марта бомбы американских самолетов разрушили док, в котором находился "Кельн". Крейсер сел на дно дока на ровном киле; его надстройки пострадали незначительно, а зенитная артиллерия могла действовать, но как боевой корабль он перестал существовать. После капитуляции Германии начались неспешные работы по разборке конструкций дока и находившегося в нем крейсера. Полностью их завершили только в 1956 г.
