7 марта 1921 года возглавляемая Тухачевским военная группировка начала штурм Кронштадта. Первоначально штурм был отбит, среди наступавших были значительные потери, а два полка, отказавшихся участвовать далее в штурме крепости, пришлось разоружить. Повторный штурм начался в ночь на 16 марта 1921 года. Несмотря на то, что нападавшие применяли артиллерию и авиацию, потери правительственных войск были большими (согласно советским источникам 527 человек убитыми и 3285 ранеными). Тем не мене 18 марта сопротивление кронштадтцев было сломлено. При штурме было убито порядка 1 тыс. восставших и свыше 2 тыс. было ранено или захвачено в плен. Около 8 тысяч восставших солдат и матросов ушли в Финляндию. Сразу после окончания штурма большевики приступили к репрессиям в отношении побежденных, в том числе и в отношении к населению города. К расстрелу были приговорены более двух тысяч человек, а к различным срокам наказания – более шести тысяч. Позже началось и массовое выселение жителей Кронштадта с острова.
Необходимо отметить, что и против власти белых также были серьезные народные восстания, которые отвлекали значительные их силы с фронта в тыл и мешали мобилизации в Белую армию. В 1918–1919 гг. в Центральной Сибири было мощные партизанское движение против войск Колчака. Некоторые действия Белой армии (такие как мобилизация новобранцев, взыскание налогов и земские сборы, арест дезертиров и т. п.) не нравились крестьянам и приводили даже к вооруженному сопротивлению. Белые, как и красные, пытались заставить крестьян подчиняться вооружённой силе. Например, в середине ноября 1918 года в Енисейской губернии восстали более 5000 крестьян из-за взыскания различных податей и розыска дезертиров. Этих повстанцев удалось разбить прибывшему из Красноярска отряду генерал-майора И. Ф. Шильникова. Антиколчаковское движение возникло в бассейне реки Манны, где повстанцы в ноябре 1918 года образовали ревком, а позже разбили посланные на их подавление отряды белых. Просоветское партизанское движение было таким значительным, что для борьбы против партизан белыми был образован Канско-Тайшетский фронт под командованием полковника И. Н. Красильникова. Вфеврале 1919 года на хуторе Ачинская Заимка был создан штаб по организации антиколчаковского партизанского движения. Партизаны захватили несколько деревень. Постепенно партизанские отряды образовали Шиткинский партизанский фронт, в котором насчитывалось до 1500 человек. В тех условиях это была значительная военная сила. Кроме того, партизаны наносили серьезный вред железным дорогам, валили столбы и воровали провода, выводили из строя телеграф. Обеспечение работоспособности железнодорожного транспорта и телеграфа отвлекало с фронта у белых и без того ограниченные воинские ресурсы.
