Во время переговоров состоялось всего три встречи послов русского и маньчжурского государств. По настоянию маньчжуров Ф. А. Головин первым изложил желание русского правительства иметь русско-китайской границей Амур. Головин потребовал, чтобы маньчжуры не переходили Амур и не вторгались в русские владения, а за ранее нанесенный ущерб выплатили бы компенсацию. Позиция русских представителей соответствовала фактически сложившемуся положению.
Во время этих встреч выяснились не только агрессивные намерения цинских правителей, но и абсурдность требований маньчжурских послов. Так, они заявили, что река Амур находится во владениях маньчжурской династии со времен Александра Македонского, якобы основателя династии Цин, на что Головин весьма резонно заметил, что в хрониках было бы слишком долго разыскивать связь богдыхана с великим греческим полководцем, о котором, несомненно, цинские послы не имели понятия.
Маньчжурские послы проявили свою «осведомленность» также и в географии. При составлении текста договора они предлагали конечным пунктом границы у морского побережья мыс Святой Нос, который находился на Чукотке. Таким образом, Забайкалье, северо-восток Якутии и почти вся Чукотка попадали в сферу их территориальных притязаний. В то время географические познания цинских послов не шли дальше района Албазинского воеводства. Но, увидев на русских картах морской мыс Святой Нос и оценив необъятность русской земли на восток от Лены, они тут же объявили весь северо-восток Сибири китайским. Конечно, русские послы отвергли эти ничем не обоснованные притязания. После этого цинские сановники предприняли еще один маневр, чтобы оказать давление на русских послов. Они начали демонстрацию овладения Нерчинском. Маньчжурские войска окружили город сильными караулами, а 3 тыс. солдат и офицеров с развернутыми знаменами построили против крепости для наступления.
В этих невероятно трудных условиях Ф. А. Головин все же добился заключения договора с Цинской империей. Договор был подписан 27 августа 1689 г. и вошел в историю как Нерчинский договор, или Нерчинский трактат. Он был первым договором между Китаем и европейским государством о границе, торговле и по другим вопросам межгосударственных отношений.
Нерчинским договором была установлена только западная граница в бассейне реки Шилки — по рекам Горбице и Аргуни, т. е. небольшой части огромной территории. Дальше к востоку, в сторону моря, громадное пространство осталось неразграниченным.
