Возглавив кафедру, он заведовал ей шесть лет, до перестройки. И за это время не сумел ни защитить докторскую, ни заработать звание «холодного» профессора. То есть, не написал ни серьезных научных работ, ни значимых методических, хотя этим направлением в институте руководил, ни довести до защиты аспирантов. Ему было интересно «преподавать», в смысле — говорить перед студентами и руководить административно, но не интересно ни заниматься наукой, ни разрабатывать преподавательские методики, ни руководить аспирантами.
Доктором наук стать не удалось. Зато удалось стать «прорабом перестройки» — создал политический клуб «Дискуссионная трибуна». Правда, при поддержке горкома КПСС и в качестве противовеса известной организации «Память». И в 1989 году избирался народным депутатом Съезда народных Депутатов СССР. Избирался, собственно говоря, «именем Ельцина» с которым тогда знаком не был, но сделал себе исходную карьеру, организуя движение за выдвижение того кандидатом в депутаты. Ельцин, правда, отказался — и был избран по национальному округу от Москвы. А место кандидата осталось за Бурбулисом.
Самое забавное — принимал тогда участие в создании Объединенного Фронта Трудящихся — левого неформального объединения, из которого во многом потом выросли нынешние КП РФ и РКРП-РПК. Но, подчинившись требованиям Сахарова, от участия в нем отказался. А то мог быть сегодня заместителем Зюганова.
Весной 1990 года баллотировался на пост председателя Свердловского облсовета, но проиграл Владимиру Исакову, который позже, уже весной 1991 года, потребует отставки Ельцина с поста Председателя Верховного Совета РСФСР.
Принял участие в создании Демократической партии России, но оказался там лишь заместителем председателя (Н. Травкин), обиделся и вышел.
На съезде уже избирали в Верховный Совет. Избирали списками от региональных групп. Московская, Ленинградская и Свердловская региональные группы были более чем специфичны, и Бурбулис вошел в состав Верховного Совета, возглавив подкомитет Комитета по вопросам работы Советов народных депутатов, развития управления и самоуправления. Сблизился с Ельциным и на выборах 1991 года возглавил его избирательный штаб. Планировал, правда, по договоренности с Ельциным, стать кандидатом в вице-президенты РСФСР, но тот в канун выборов решил взять с собой в пару Александра Руцкого: Бурбулис из КПСС уже вышел и о своем антикоммунизме открыто заявлял, становился одиозен, Руцкой — остался, а Ельцин хотел получить поддержку и коммунистического электората.
