Тем не менее уже в XVI-XVII веках натуралисты начали развивать ритуализированное представление о живой и неживой природе, предложенное церковью. В XVIII веке гений Линнея показал, что живой мир не только имеет четко упорядоченную структуру, но и что ее можно описать, используя множества и подмножества. На основе этой догадки Линней разработал систему, которой мы пользуемся по сей день. В соответствии с этой системой наш вид, Человек разумный (Homo sapiens), принадлежит к роду Люди (Homo), входящему в семейство гоминидов (Hominidae), которое, в свою очередь, является частью отряда приматов, входящего в царство животных. В этой иерархии каждая категория включает в себя все подкатегории более низкого уровня. Homo sapiens — это всего лишь один из нескольких (ныне вымерших) видов из рода Homo, семейство гоминидов состоит из нескольких родов и т.д. Подобная классификация существенно отличается от по-военному строгой структуры Великой цепи бытия, где каждому виду отводилось свое место. Инклюзивная иерархия Линнея прекрасно отражала все исторические события, насколько нам известно, приведшие к возникновению Древа жизни, к которому мы все принадлежим.
Сегодня, как и во времена Линнея, базовой единицей категоризации живого является вид. Уже в XVII веке английский натуралист Джон Рей пришел к выводу, что (изредка нарушаемые) границы вида определяются его репродуктивной общностью. Говоря современным языком, для организмов, размножающихся половым путем, вид — это крупнейшая популяция, в рамках которой может происходить скрещивание. Разумеется, в большинстве случаев даже самые близкородственные виды имеют внешние различия. Однако особи, принадлежащие к одному виду, порой также могут ощутимо отличаться друг от друга. Разница в том, что во втором случае они все еще могут скрещиваться между собой и готовы делать это при первой возможности. Соответственно, ключевым показателем принадлежности к виду является репродуктивная преемственность — заинтересованность членов группы спариваться между собой и возможность успешно это делать. Иными словами, живые существа не принадлежат к одному виду потому, что выглядят одинаково. Они выглядят одинаково потому, что принадлежат к одному виду.
Так как человек является неотъемлемой частью живого мира, для понимания того, какое именно место мы занимаем в биоте, от нас требуется не только интроспективное изучение самих себя, но и знания о том, что такое вид, чем он характеризуется и как изменяется или не изменяется с течением времени. Какой бы организм мы ни рассматривали, если у него не имеется надежного генеалогического древа, связывающего его с ближайшими родственниками и остальными элементами живого, то и сказать о нем что-либо будет трудно. То же касается и наших представлений о том, как вид изменялся со временем, ведь для того, чтобы эволюционная модель оказалась верна, она должна основываться на исторических фактах. Так как научные знания о мире постоянно меняются, то и наши приобретенные представления требуют постоянного пересмотра.
