Представление о стабильной и неизменной Вселенной, в которой за каждым видом было закреплено свое место, — единственное, что объединяло теологов с Реем и Линнеем. Однако к началу XIX века у некоторых ученых начали возникать сомнения. Первые геологические и палеонтологические находки наводили на мысль, что и ландшафты Земли, и живые существа на ней когда-то сильно отличались от существующих. Осадочные породы наслаиваются друг на друга, как коржи в торте, но если их последовательность в определенной местности определить достаточно нетрудно, то соотнести породы в нескольких разных регионах — гораздо более сложная задача, так как состав слоя не гарантирует его возраст. Столкнувшись с этой проблемой, первые геологи очень быстро поняли, что окаменелости, находимые в осадочных породах (кости и зубы позвоночных или раковины моллюсков и других морских обитателей), можно использовать для хронологической классификации слоев. Это возможно потому, что для разных геологических эпох была характерна разная фауна — как мы знаем сегодня, благодаря эволюционным изменениям.
Еще до возникновения теории эволюции было очевидно, что наша планета имеет долгую историю и на протяжении этой истории ее облик менялся. В самом начале для объяснения различий между современной и древней фауной без значительного отклонения от религиозных догматов использовалась гипотеза катастроф. События, подобные библейскому Всемирному потопу, якобы стирали с лица Земли все живое. Скудная, но постоянно пополнявшаяся палеонтологическая летопись действительно указывала на то, что фауна планеты переживала значительные перемены. Геологи и антропологи обнаруживали свидетельства массовых вымираний и исчезновения значительного количества видов. Для христианского мира (включавшего в себя, во всяком случае номинально, всю Европу) такое объяснение было вполне приемлемым. Однако к началу XIX века стали возникать новые идеи относительно изменения животного мира с течением времени.
Упоминания об этом встречались и ранее, но принятие современной наукой концепции об изменчивости живых существ с течением времени началось с блестящего ученого Жана-Батиста Ламарка. Этот великий французский натуралист работал в основном с окаменелостями моллюсков, найденными в Парижском бассейне. Уже в 1801 году он высказал предположение о том, что виды живых существ не только не являются неизменными, но, наоборот, активно изменяются с течением времени, а в 1809 году описал эту теорию в своем влиятельном труде «Философия зоологии». Для Ламарка каждый вид представлял собой родословную живого организма, был независим от других, имел собственных древних прародителей и внутреннее стремление к изменениям и увеличению сложности. Несмотря на то что эта точка зрения достаточно далека от современных представлений об эволюции, она отражает ключевую роль, которую изменения играют в природе, и радикально отличается от традиционного схоластического видения живого мира как статичного объекта. И это неудивительно, так как Ламарк работал в секуляризованной постреволюционной Франции.
