18 жовтня 1239 року[23] загарбникам вдалось завдяки безперервному приступу проникнути у місто і «град пожегше, и люди избите, и монастырь пограбиша».[24] За однією з легенд дружина князя Мстислава Глібовича Домникія викинулася з красного терему побіля Спаського собору[25] і розбилась, аби не терпіти наругу, її нібито поховано біля П’ятницької церкви.
Велика кількість кісток в галереях Антонієвих печер Іллінського монастиря свідчить, що ченці теж чинили опір завойовникам–ординцям і прийняли мученицьку смерть.[26] Після монголо–татарської навали у підземних комплексах протягом наступних 2—3 століть не відновлюється чернече життя. Подібна доля чекала й Єлецько–Успенський монастир.[27] Чернігівського єпископа Порфира орда забрала з собою і «их доведь Глухова, отпустиша».[28] Очевидно, його використовували як парламентаря — для прискорення здачі міста. Розповідь єпископа про падіння Чернігова, за задумом ординців, настрахає глухівчан і відверне їх від марного опору. Цього результату вони явно досягли, бо Глухів не був підданий вогню і розоренню.[29]
Сучасні археологічні дослідження Чернігова дали великий підтверджувальний матеріал щодо руйнівної пожежі жовтня 1239 року — дерев’яні будівлі пограбованого міста в основному згоріли. На щастя, кам’яні Спаський собор та інші храми вціліли.[30] Щоправда, вони потребували значного ремонту.[31] У Спаському соборі вигоріли внутрішні оздоби,[32] а також були пошкоджені, як вважають деякі дослідники, куполи.[33] Дуже важко гадати, що сталося з 25–тисячним населенням міста. Маємо у цьому зв’язку кілька версій і, зокрема, дуже авторитетне свідчення тієї доби, написане католицьким монахом — домініканцем Планом Карпіні, який за ухвалою Ліонського собору їздив у 1247 році на переговори з монголо–татарським урядом.
«Стоячи ж під фортецею, — писав він, побувавши на зруйнованих і підкорених землях, — татари ласкавими словами улещують обложених, обіцяючи їм багато, щоб вони здались. Якщо ж здадуться, то говорять їм: вийдіть, хай обдаруємо вас за нашим звичаєм. Коли ж ті вийдуть, то питають, хто з них знає яке ремесло, і таких залишають; решту ж, крім тих, яких схочуть мати рабами, вбивають сокирами. Хоч декого, як сказано, лишають вони в живих, але людей знатних і почесних не щадять ніколи. Коли, зовсім несподівано, деякі з них лишаються живими, то нізащо не звільняють їх від рабства. Усіх узятих у бою в полон убивають, хіба що деяких схочуть залишити як рабів
