В V веке на передний план в религиозных спорах вышел вопрос о воплощении. Две стороны в завязавшейся полемике представляли александрийский патриарх Кирилл и константинопольский патриарх Несторий. Первый из них впоследствии был канонизирован, а Несторий был объявлен католической церковью еретиком.
Сутью нового спора было взаимоотношение человеческого и божественного в Христе. Несторий проповедовал раздельность человеческой и Божественной природы Мессии, осуждая на этом основании поклонение Божьей Матери, считая, что Дева Мария могла родить только Христа-человека, а у Христа Бога никакой матери быть не могло. Святой Кирилл настаивал на неразделимом единстве двух начал в Иисусе.
Данный спор расколол империю на два лагеря: восточные провинции восприняли несторианство, западные епископы встали на сторону Кирилла. В 431 году для разрешения спора был созван собор в Эфесе. Прибывшие первыми последователй Кирилла не впустили опоздавших и за закрытыми дверями признали учение Нестория еретическим. Тем не менее, несторианство оказалось поразительно жизнеспособным и нескоро сдало свои позиции на Востоке; оно распространилось вплоть до Китая, где в какой-то момент нашло стольких последователей, что вполне могло бы стать государственной религией.
В 449 году в Эфесе, считавшемся местом погребения Богородицы, собрался синод, развивший идеи Кирилла и в результате впавший в новую ересь, противоположную несторианству, — монофизитство. Синод пришел к выводу, что у Христа может быть только одна природа — Божественная. Эта ересь также оказалась популярной и распространилась по всему Египту и даже в Абиссинии.
В течение последующих нескольких столетий основное внимание религиозных деятелей было сконцентрировано на политических вопросах. Принципиально новые философские идеи стали появляться в католицизме только с XI века. Это было время церковной реформы и массового возникновения новых монашеских орденов. Главные мыслители этого столетия были монахами и в основном состояли в орденах, связанных с реформаторским движением.
В XI веке святой Петр Дамиани написал трактат «О божественном всемогуществе». Он утверждал, что Бог способен уничтожать прошлое, нарушать основные законы природы. Святой считал философию служанкой теологии, диалектику он совершенно отрицал. Впоследствии эти взгляды отверг святой Фома и они не стали считаться ортодоксальными.
Интересной фигурой этого времени являлся богослов Беренгар Турский (?—1088). Мыслитель заявлял, что разум выше всякого авторитета, за что его можно считать рационалистом. Учение Беренгара было признано еретическим, и ему пришлось дважды отрекаться от своих идей. Ланфранк, впоследствии ставший архиепископом Кентерберийским, написал трактат «О теле и крови Господа», осуждающий еретическое учение Беренгара.
