Такая беспощадная жестокость со стороны Шуйского заставляла, конечно, сидевших в Туле воров сражаться с отчаянной храбростью. Только в октябре 1607 года удалось царским войскам взять этот город, и то благодаря хитрости боярского сына Кравкова. Он посоветовал затопить Тулу, устроив ниже ее запруду на реке Упе. Это оказалось действенным средством. Вода начала заливать город и разобщила его от всех окрестностей; скоро настал страшный голод, и Болотников с Лжепетром вошли с Шуйским в переговоры. Тот обещал им помилование, и они сдались ему.
10 октября Болотников приехал в царский стан, стал перед Василием Ивановичем на колени, положил себе на шею саблю и сказал ему: «Я исполнил свое обещание – служил верно тому, кто называл себя Димитрием в Польше, – справедливо или нет, не знаю, потому что сам я прежде никогда не видывал Царя. Я не изменил своей клятве, но он выдал меня, теперь я в твоей власти: если хочешь головы моей, то вот отсеки ее этой саблей; но если оставишь мне жизнь, то буду служить тебе так же верно, как тому, кто не поддержал меня».
Шуйский не внял этим словам и нарушил свое обещание помиловать сдавшихся: Болотников был сослан в Каргополь и там утоплен, а Лжепетр погиб на виселице; князь же Шаховской, «всей крови заводчик», отделался ссылкой на Кубенское озеро, а Телятевский, кажется, был только подвергнут опале. Наложением этих легких наказаний на князей Телятевского и Шаховского Шуйский ясно показал, насколько он был мелок сравнительно с природными московскими государями: Иоанном III, Василием III и Иоанном Грозным, которые всем одинаково рубили головы за измену, как своим первым боярам, так и их холопам.
Что касается до людей, взятых в Туле воровских шаек, то с ними было поступлено различно: казавшиеся наиболее опасными были посажены в воду, а те, у которых отыскались прежние господа, возвращены им по старым крепостным записям. Всем дворянам и боярским детям царскою властью было разрешено взять военнопленных себе на «поруки», то есть, другими словами, брать их себе в кабалу. Таким образом, холопы, бежавшие в Поле и приставшие к шайкам разных воровских атаманов, в поисках лучшей доли, вернулись опять к своему прежнему состоянию. Лучше других было положение тех «тульских сидельцев», которые сами добровольно целовали крест царю Василию и выдали своих военачальников. Их оставили на свободе и отпустили «восвояси». Но куда могли идти эти голодные и бездомные люди? Они потянули опять в свои же окраинные места, с тем, чтобы тотчас же, при первом подходящем случае, поднять вновь кровавое восстание.
