Простых и незнатных поляков, оставшихся в Москве после кровавого утра 17 мая, Шуйский отпустил в Польшу; Марина же с отцом, послы Гонсевский и Олесницкий с их свитами, а также более знатные паны были задержаны в виде заложников на случай возможной войны с Польшею.
Вместе с тем в Польшу было снаряжено посольство – для объяснения происшедшего избиения поляков воровством Расстриги и их собственным наглым и буйным поведением. Сигизмунд пришел, конечно, в негодование при получении известия о случившемся, но предпринять против Москвы он ничего не мог в это время, так как был занят подавлением сильнейшего бунта, или рокоша, поднятого против него паном Зебжидовским за то, что король, вступив во второй брак с австрийской принцессой, заключил при этом с Австрией ряд условий, крайне невыгодных для Польши.
Юрий Мнишек с дочерью и со свитой в 375 человек были помещены в Ярославле, где их охраняло до 300 человек стрельцов, причем у Марины были отобраны все драгоценности, похищенные Лжедимитрием из царской сокровищницы. Она отнеслась довольно безучастно к ужасной смерти своего мужа, но очень заботилась, чтобы ей возвратили бывшего при ней маленького арапчонка. Юрий же Мнишек, готовый на все, чтобы вернуть себе и дочери положение и деньги, стал пытаться поправить дело посредством брака Марины с новым царем, но Василий Иванович уже выбрал себе другую невесту – княжну Буйносову-Ростовскую.
Свадьба его состоялась, однако, не скоро, за множеством неотложных дел и забот.
Одним из первых распоряжений Шуйского было торжественное перенесение мощей царевича Димитрия из Углича в Москву, тело которого было обретено нетленным. За мощами отправились из столицы заступавший место патриарха Филарет Никитич Романов с другими лицами высшего духовенства и бояре – князь И. М. Воротынский, П. Н. Шереметев и двое Нагих. Мощи царевича прибыли в Москву 3 июля и были перенесены с большим торжеством в Архангельский собор, где они почивают открыто и поныне, прославившись многими чудесами. Сам царь нес гроб, а инокиня Марфа всенародно каялась над мощами в своем грехе, что поддалась Гришке и признала его своим сыном.
25 мая, по рассказу приятеля секретаря Лжедимитрия, аугсбургского купца Паэрле, приехавшего вместе с Мариной Мнишек в Москву, в городе было страшное волнение; народ восстал на стрельцов, бояр и великого князя, обвиняя их, как изменников, в умерщвлении «истинного государя Димитрия», и Шуйскому с приближенными стоило больших хлопот, чтобы успокоить это волнение и уверить народ, что он скоро увидит своими глазами мощи царевича, которые уже везут из Углича.
