Астрахань была защищена стенами в четыре сажени вышины и в полторы сажени ширины, снабженными башнями и 460 пушками. Но стрельцы убили лейтенанта Фому Бойля, помощника капитана «Орла» Бутлера, командовавшего артиллерией, — и пушки не помешали казакам влезть по лестницам на укрепления. Собор вскоре наполнился московскими офицерами и чиновниками, бежавшими от начавшегося избиения. Прозоровского принесли тяжело раненного пикой. Митрополит успел лишь причастить мужественного воина, с которым его связывала тесная дружба. Заперли тяжелую, из кованого железа дверь храма; но в окна сыпались пули, убившие в числе других, ребенка на руках матери и продырявившие чудотворную икону Казанской Божией Матери. Наконец, дверь поддалась, и, переступив через тело стрелецкого сотника, героически преградившего доступ в церковь, казаки ринулись на еще живого Прозоровского и связали как его, так и остальных московских агентов.
Расправа не замедлила: Стенька прошептал несколько слов Прозоровскому, воевода отрицательно покачал в ответ на его предложение головой, — и тотчас же казаки потащили умирающего на колокольню, откуда сбросили его на крепостные стены. После произведенного для видимости допроса остальные пленники были умерщвлены, большею частью тут же, на соборной паперти. В монастыре св. Троицы, где их похоронили, один монах насчитал 441 труп.
За побоищем последовало всеобщее разграбление, причем не были пощажены не только присутственные места и дома богатых москвичей, но и индийские и бухарские базары.
Стенька Разин превратил Астрахань в казацкий город, разделив жителей на тысячи, сотни и десятки, под начальством избранных есаулов, сотников и десятников, организовал «круг» и сделал вид, будто хочет восстановить древнее вече. Однажды утром население погнали за город, на „большое поле, принять присягу на верность царю, атаману и казачьему войску, с клятвой выдавать «изменников». Двое священников отказались от присяги; Стенька велел утопить одного из них, а другому — отрезать руку и ногу. Он приказал сжечь все бумаги архивов и канцелярий, заявив, что поступит так же в Москве и даже в самом дворце царя. При неграмотности казаков эти бумаги были излишни.
Как сам атаман, так и его подручные бражничали с утра до ночи, превращая свое правление в сплошную оргию. Они утопали в водке и крови. Стенька Разин не переставал выискивать новые жертвы для мучительств. После неудачи возобновленных переговоров с Менеди-ханом он приказал повесить пленного сына этого мусульманина, зацепив жертву ребром за железный крюк.
