В декабре 1941 года Голландия оказалась в состоянии войны с Японией 12 января 1942 года крейсер уходит в Ост-Индию. Переход вокруг Африки затянулся, поэтому принять участие в обороне Индонезии он не успел. 1 марта крейсер направили в Коломбо, где он вошел в состав британского Восточного флота. "Хеемскерк" включили в состав "Соединения В" (тихоходного), в которое также входили 4 устаревших линкора типа "Роял Соверен", несколько крейсеров типа "С" времён первой мировой войны и несколько эсминцев.
В мае 1942 года "Хеемскерк" принял участие в оккупации вишиского острова Мадагаскар. Все лето корабль сопровождает союзные конвои. В сентябре крейсер находился в охранении войскового конвоя, эскорт которого состоял из авианосца "Илластриес", линкора "Уорспайт" и 8 эсминцев. В октябре 1942 года "Хеемскерк" передается в распоряжение американского командования. С октября 1942 года по ноябрь 1943 года он эскортирует многочисленные конвои на трассе Фримантл (Западная Африка)-Новая Зеландия. Во время этого периода имели место три примечательных события. 28 октября 1942 года из Фримантла вышел конвой "OW 1" в Диего-Суарец. В его охранении находились крейсера "Хеемскерк" и устаревший австралийский "Аделаида'’, противолодочное охранение — 2 корвета. 10 ноября был обнаружен неизвестный транспорт, который дал неправильные позывные. Крейсера устремились в погоню. Через несколько часов на транспорте спустили шлюпки и его затопили. Пленные на допросе показали, что это был немецкий блокадопрорыватель "Рамзее".
В феврале 1943 года "Хеемскерк" находился в составе сил дальнего прикрытия конвоя "Памфлет". По прибытии в австралийские воды его направили в Сидней, где он с 27 февраля по 15 апреля прошел текущий ремонт. В конце 1943 года крейсер должен был вернуться в Англию, но был задержан в Гибралтаре. С января по июль 1944 года "Хеемскерк" проводит многочисленные средиземноморские конвои. Самой трагической страницей в жизни крейсера стала в конце апреля проводка конвоя "UGS 38". Эскорт этого конвоя был очень сильным: кроме голландского крейсера в него также входили американский эсминец "Лэнсдейл" (DD 426), корабль береговой охраны "Тэйни", 12 эскортных миноносцев, 2 тральщика. С воздуха его прикрывали истребители "Аэрокобра".
Вечером 20 апреля конвой севернее Алжира был атакован немецкими торпедоносцами. Они атаковали на предельно низкой высоте со стороны берега. Операторы радиолокационных станций их не обнаружили. Конвой понес тяжелые потери, были потоплены "Лэнсдейл" и 2 транспорта, ещё 2 были тяжело повреждены. Немецкие потери составили 2 самолета. "Хеемскерк" чудом уклонился от нескольких торпед.
