Гитлер приказал отправить на слом все большие надводные корабли*. Но новому главкому К. Деницу удалось отстоять большую их часть. Но не "Лейпциг", боевая ценность которого была уже незначительной. В феврале экипаж корабля сократили и 4 марта 1943 года "Лейпциг" исключили из списков флота. Военно-морской флаг на корабле спустили, а корабль ушел в Либаву на отстой с небольшим экипажем во главе с исполняющим обязанности командира капитана 2 ранга Асмусом.
В июле 1943 г. вновь приняли решение вернуть крейсер в состав флота. "Лейпциг" должен был служить учебным кораблем для рулевых и штурманов. 1 августа он вошел в состав флота. Но крейсер по-прежнему продолжали преследовать неудачи. 10 августа произошел пожар в котельном отделении № 3. После короткого ремонта новые испытания и курс зенитных стрельб, с сентября по декабрь учебные походы по центральной части Балтийского моря, совместные учения с "Нюрнбергом".
С 5 по 31 января 1944 г. "Лейпциг" прошел текущий ремонт на Готенгафском филиале "Дойче Верфь", где провели замену лейнеров 150-мм орудий. С 28 февраля по 2 марта прошло совместное учение с крейсером "Принц Ойген", 16 марта боевые учения в Гданьском заливе.
Тем временем обстановка на фронте ухудшалась. Фронт приближался к районам боевой подготовки немецкого флота. Старые товарищи "Лейпцига" уже вступили в войну, обстреливая наступавшие вдоль побережья Советские войска.
Но "Лейпциг" в военных действиях не участвовал. В начале сентября он провел совместные учения с тяжелым крейсером "Адмирал Шеер", 21 сентября учение у острова Борнхольм, 26 сентября "Лейпциг" охраняет войсковой конвой из Свинемгонде в Готенгафен, а затем участвует в совместных учениях с тяжелым крейсером "Адмирал Хиппер", легким крейсером "Кельн", учебным кораблем — бывшим линкором "Шлезиен".
С 8 по 14 октября "Лейпциг" прошел докование на верфи "Шихау" в Данциге. После выхода из дока крейсер получает настоящее боевое задание: постановку минного заграждения у входа в пролив Скагеррак. Но ближайшие милые арсеналы находились в Свинемюнде, и "Лейпциг" вышел туда из Готенгафена. В 19 ч 50 мин крейсер прошел оконечность мыса Хели. По условиям военного времени, корабль шел без огней. Скорее всего, радионавигационные и гидроакустические вахты не неслись, хотя боевая тревога была пробита. Около 20 ч 00 мин "Лейпциг" остановился для отключения турбин и дальнейшего перехода под дизелями. Стоял сильный туман, из которого в буквальном смысле выскочил тяжелый крейсер "Принц Ойген", шедший в Готенгафен для пополнения боезапаса. Удар был настолько сильным, что офицер, находившийся в центральном посту "Лейпцига", записал в журнале "20.04. Попадание торпеды" (Pertek J. Na Baltyke w Arctyce i na Morze Czamym-Posnan; 1989. c. 149). Так же в первые минуты считали и многие моряки "Лейпцига". Удар пришелся в тот же район, в который угодила торпеда в декабре 1939 года. После удара погасло освещение, но зажглись тусклые плафоны аварийного освещения.
