В 1700 г. скончался патриарх Адриан. Нового патриарха уже не выбирали, а учредили пост местоблюстителя патриаршего престола. В 1702–1721 гг. этот пост занимал митрополит Рязанский и Муромский Стефан Яворский (1658–1722 гг.). Кроме того, для управления церковью в 1701 г. был создан Монастырский приказ. В его ведение перешли все церковные вотчины, судебная власть, контроль за изданием духовных книг и духовными школами, выплата денежных окладов священнослужителям и монахам. В 1725 г. приказ преобразовали в Камер-коллегию при Синоде.
В 1721 г. высочайшим указом был принят «Духовный регламент», учредивший вместо патриаршества новый коллегиальный орган церковного управления — Духовную коллегию, названную позднее Святейшим Правительствующим Синодом. Наступил Синодальный период в истории Русской Церкви (1721–1917 гг.). Члены Синода назначались государем и подчинялись непосредственно ему. В 1722 г. была введена должность обер-прокурора Святейшего Синода. Таким образом, церковь была полностью подчинена светской власти.
При Екатерине II в 1764 г. была проведена секуляризация церковных земель, в результате которой церковь лишилась значительной части своих владений. Для церковных служителей были установлены штатные оклады, выплачиваемые из государственной казны. В России резко сократилось число монастырей и монашествующих. В то же время был принят ряд мер, направленных на улучшение положения приходского духовенства.
В начале правления Александра I интересы Православной Церкви продолжали ущемляться. В 1817–1824 гг. существовало Министерство духовных дел и народного просвещения, подчинившее себе Синод. Глава министерства А.Н. Голицын, поклонник мистицизма и некоего «универсального единого христианства», поддерживал распространение иных религий и запрещал защиту православия. Только после настоятельных протестов православных иерархов министерство было закрыто, а Голицын уволен от должности.
При императоре Николае I традиционно значительная роль Русской Церкви в политической и общественной жизни России постепенно возвращалась. В нач. 1830-х гг. было официально провозглашено, что основы русского государственного строя покоятся на трех началах: Самодержавии, Православии, Народности (позднее это учение стали называть «теорией официальной народности»). Традиционную православную веру защищал Свод законов Российской империи (1833 г.). В правление Николая I государственная власть приняла меры, улучшившие материальное положение монастырей и сельских приходов. Важной особенностью политики Православной Церкви этого времени была борьба против различных сект.
